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Auteur: Mélanie

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EVENEMENT 
 

Vers une modélisation plus réaliste 
des systèmes biologiques 
156 pages ‐ Editions Universitaires Européennes (août 2011)

 

 

De Fabien Archambault 
Informaticien ‐ Docteur en Chimie théorique 
 

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La  plupart  des  fonctions  énergie  potentielle  utilisées  pour  simuler  les  systèmes  biologiques  complexes  ne 
traitent qu'implicitement la polarisation électronique et ce, de façon très incomplète. Bien qu'efficaces pour 
un large éventail d'applications, ces champs de force atteignent rapidement leurs limites dès lors que les effets 
de  polarisation  électronique  sont  importants.  Dans  cette  thèse,  j'ai  développé  une  approche  basée  sur  la 
mécanique quantique pour obtenir des paramètres d'un champ de force polarisable ayant pour composantes 
des charges, des polarisabilités distribuées d'ordre zéro et un (isotrope) et un potentiel de van der Waals décrit 
par  une  fonction  de  Buckingham.  L'énergie  d'induction  peut  être  atténuée  par  une  fonction  de  Tang  et 
Toennies  pour  décrire  l'énergie  d'échange‐induction.  Cette  approche  a  été  effectuée  avec  succès  pour 
l'interaction d'ions avec l'eau et le benzène mais aussi dans le cas d'un dimère d'eau. Une première étude des 
résultats  en  dynamique  moléculaire  montre  que  les  paramètres  obtenus  en  phase  gazeuse  peuvent  se 
transférer pour les simulations en phase condensée. 
 
 

 


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