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Recommandations pour la prise en
charge des infections de l’adulte

Commission des Anti-Infectieux
Hôpitaux Universitaires Henri Mondor
septembre 2017


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Numéros utiles :
Unité Transversale de Traitement des Infections (conseils et avis dans les services)
Dr R. Lepeule : DECT 36068 (référent antibiotique)
Dr L Coutte : DECT 36696
Interne : DECT 36764
Bactériologie : Interne : DECT 36033
Dosage des Antibiotiques : Dr A. Hulin : DECT 36375
Site Henri Mondor Albert Chenevier :
Service d’Immunologie Clinique et Maladies Infectieuses et Tropicales (hospitalisations et
consultations) : Dr S. Gallien : DECT 36363, Dr G. Melica : DECT 36188, Dr W. Vindrios : DECT
36740, Dr A. Henn : DECT 36187, Dr C. Flateau : DECT 36430
Equipe opérationnel d’hygiène, Dr Jansen, DECT 36224, Dr Goldstein, DECT 36484
Urgences Adulte Mondor : Coordonnateur : DECT 36052
Réanimateur médical : DECT 36494
Réanimateur chirurgical cardio vasculaire : DECT 36043
Réanimateur chirurgical digestif et hépato biliaire : DECT 36046
Réanimateur chirurgical polyvalent et neurologique : DECT 36042
Pharmacie-Dispensation des Anti-Infectieux, Henri Mondor : Dr W Akrout, poste 78029
Pharmacie-Dispensation des Anti-Infectieux, Albert Chenevier : Dr M. Pécal Dalle, poste 13240
Site Emile Roux :
Equipe opérationnel d’hygiène : Dr C. AKPABIE, poste 68304
Pharmacie-Dispensation des Anti-Infectieux : Dr MC Boubon-Sagnier, poste 68180
Site Joffre-Dupuytren :
Equipe opérationnelle d’hygiène : Dr N Sabourin, poste 25838
Pharmacie-Dispensation des Anti-Infectieux : Dr P. Léglise, poste 26464 
Site George Clemenceau :
Equipe opérationnelle d’hygiène : Dr A. Kabani, poste 42114
Pharmacie-Dispensation des Anti-Infectieux : Dr D. Lagoutte, poste 42148

Astreinte francilienne d’infectiologie : 01 46 61 15 00 (20h à 8h du lundi au vendredi, 13h à 
8h le samedi et 8h à 20h les jours fériés). 
 

 


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Sommaire
 
1. 

Recommandations pour identifier et traiter précocement les sepsis et choc septiques ............... 5 

2. 

Règles de prescription des anti‐infectieux ...................................................................................... 7 

3. 

a.

Règles générales ....................................................................................................................... 7 

b.

Quand proposer un traitement probabiliste par carbapénème ? ............................................ 7 

c.

Règles spécifiques par classes .................................................................................................. 9 

Infections respiratoires ................................................................................................................. 11 
a.

Pneumonies communautaires ................................................................................................ 11 

b.

Pneumonies nosocomiales ..................................................................................................... 12 

c.

Bronchites et exacerbations de BPCO .................................................................................... 13 

d.

Grippe saisonnière .................................................................................................................. 13 

4. 

Infections ORL ............................................................................................................................... 14 

5. 

Infections uro‐génitales ................................................................................................................. 16 

a. 

Infections urinaires communautaires ........................................................................................... 16 

b.  Infections urinaires liées aux soins : traitements probabilistes .................................................... 17 
c. 

Infections génitales ....................................................................................................................... 18 

6. 

Infections intra‐abdominales ........................................................................................................ 19 

7. 

Méningites bactériennes ............................................................................................................... 21 

8. 

Bactériémies et candidémies liées aux cathéters (BLC) ................................................................ 23 

9. 

Infections cutanées ....................................................................................................................... 25 

10. 

Neutropénie fébrile sans point d’appel clinique ....................................................................... 27 

11. 

Endocardites .............................................................................................................................. 28 

12. 

Arthrites septiques (à l’exclusion des infections sur prothèse) ................................................ 32 

13. 

Infections opportunistes chez le patient infecté par le VIH ...................................................... 32 

14. 

Liste des maladies infectieuses à déclaration obligatoire ......................................................... 33 

15. 

Connaissances de bases en Bactériologie permettant l’interprétation des résultats .............. 35 
a.

Epidémiologie bactérienne et résistance aux antibiotiques .................................................. 35 


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b.

Savoir lire un antibiogramme ................................................................................................. 42 

c.

Apports et limites des tests rapides disponibles dans le service de Bactériologie des HU 
Henri‐Mondor ......................................................................................................................... 43 

i.

Les antigènes urinaires Légionelles et Pneumocoques .................................................... 43 

ii.

Le β‐LACTA Test® .............................................................................................................. 44 

iii.

La détection de la résistance à la Méticilline chez les Staphylocoques ........................... 44 

iv.

La PCR‐séquençage « 16S » .............................................................................................. 45 

v.

La PCR Multiplexe Filmarray “Meningo‐encéphalites” .................................................... 45 

16. 
Tableau synoptique des antibiotiques et antifongiques constituant un choix thérapeutique 
potentiel en fonction de l’espèce .......................................................................................................... 47 
17. 
Posologies des anti‐infectieux et adaptation à la fonction rénale (plus de détails sur 
www.sitegpr.com ) ................................................................................................................................ 49 
18. 
Administration des antibiotiques en perfusion prolongée / continue (d’après P Longuet et al, 
MMI 2016) ............................................................................................................................................. 56 
 


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1. Recommandations pour identifier et traiter précocement les sepsis et choc septiques  
Le Sepsis est défini comme une dysfonction d’organe menaçant le pronostic vital et causé par une réponse 
inappropriée de l’hôte à une infection. La mortalité́ hospitalière est estimée autour de 10%, justifiant une 
prise en charge adaptée rapide. 
Sa définition opérationnelle, pratique est une augmentation du score SOFA (Sequential Organ Failure 
Assessment) d’au moins 2 points lié à l’infection. Le SOFA basal est supposé́ être à zéro en l’absence de 
dysfonction d’organe, aigue ou chronique, préexistante.  

 
Des critères simplifiés, utilisables hors réanimation, sont proposés en dépistage de patients pouvant avoir 
un sepsis ; le quick SOFA (qSOFA)




Pression artérielle systolique ≤ 100 mm Hg 
Fréquence respiratoire ≥ 22/mn  
Confusion  

La présence de 2 critères quick SOFA (qSOFA) identifie des patients risquant d’avoir un mauvais pronostic 
et doit conduire à : 
-

Demander un avis spécialisé de réanimation si le malade est hospitalisé en dehors d’une structure 
d’urgence ou de soins intensifs/réanimation ; 
Obtenir sans délai un dosage de lactatémie artérielle; 
Prélever sans délai des hémocultures (4 flacons en une seule ponction veineuse) et des 
prélèvements locaux accessibles en fonction du (des) site(s) infectieux suspecté(s) 
Compléter et répéter le bilan biologique à la recherche de signes biologiques évolutifs témoins de 
l'apparition de dysfonction d’organe (TP, plaquettes, créatinine, bilirubine) 
Demander les examens complémentaires d’imagerie utiles à la recherche de la source du foyer 
infectieux ; 
Instaurer une surveillance rapprochée à la recherche de l’apparition de signes de dysfonction 
d’organe (pression artérielle, diurèse horaire); 
Et, en fonction des premiers résultats et de l’évolution des 3 à 6 premières heures, décider de 
l’orientation et de la suite de la prise en charge en concertation avec le réanimateur. 


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Le Choc septique est un sous groupe du sepsis avec anomalies importantes circulatoires et métabolique et 
une mortalité d’environ 40%. Il est défini par l’association de : 




Sepsis 
Besoin de drogues vasopressives pour maintenir une PAM ≥ 65 mm Hg 
Lactates > 2 mmol/l (18mg/dl) malgré un remplissage adéquat 

Une fois confirmés, sepsis et choc septique nécessitent une administration des antibiotiques sans délai (au 
maximum dans les 3 heures1), adaptés à l’origine présumée du foyer infectieux, à l’épidémiologie générale 
et locale, et aux risques spécifiques au malade, en tenant compte du résultat d’éventuels examens directs 
de prélèvements, elle doit comporter une association d’antibiotiques incluant un aminoside (gentamicine 
quand une infection à cocci GRAM positif est suspectée, amikacine quand une infection à bacille GRAM 
négatif ou BMR est suspectée). 
1

L'antibiothérapie  –  en  pratique  une  céphalosporine  3ème  génération  –  doit  être  administrée  dès  la 
constatation d'un purpura d'allure infectieux. 

 
Un sepsis peut être l'évènement terminal de l'évolution d’une maladie sous‐jacente grave, fatale à court 
terme. Il est important que les médecins des urgences et les réanimateurs se donnent les moyens de 
décider rapidement de la prise en charge et de l'intensité des soins adaptée au contexte.
 
 

 


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2. Règles de prescription des anti‐infectieux 
 

a. Règles générales 
 
‐ Toute antibiothérapie doit être systématiquement réévaluée à 48‐72 h en prenant en compte l’évolution 
clinique et les résultats microbiologiques. La réévaluation doit impérativement être notée dans le dossier 
médical du patient. La molécule au spectre le plus étroit doit être privilégiée.  
‐  Toute  antibiothérapie  hospitalière  probabiliste  doit  être  précédée  de  prélèvements  microbiologiques 
(sauf cas particulier du purpura fulminans). 
‐  L’antibiothérapie  probabiliste  doit  prendre  en  compte  le  caractère  communautaire  ou  nosocomial  de 
l’infection, un antécédent d’infection ou de colonisation par des bactéries multi‐résistantes, la prise récente 
d’antibiotiques. 
‐    En  cas  de  fièvre  persistante  sous  antibiothérapie  (>48h),  demander  l’avis  de  l’U2TI  pour  discuter  de  la 
pertinence de l’antibiothérapie. 
 

b. Quand proposer un traitement probabiliste par carbapénème ? 
 
La prescription de carbapénèmes doit être évitée dans la mesure du possible. En traitement probabiliste, ils 
sont discutés chez les patients en sepsis ou en état de choc, et lorsqu’il existe une notion de colonisation ou 
d’infection  antérieure  à  BLSE.  En  traitement  définitif,  ils  ne  sont  prescrits  que  sur  justification 
bactériologique et après avis du référent infectiologue. 
Les deux  critères à prendre en compte sont la gravité clinique  et le risque  d’infection par une BMR : un 
carbapénème  est  indiqué  en  traitement  probabiliste  dans  les  infections  urinaires,  les  infections  intra‐
abdominales liées aux soins, les bactériémies liées au cathéter et les neutropénies fébriles : 
‐ en cas de sepsis avec au moins 2 facteurs de risque d’infection par BMR 
 ‐ en cas de choc septique avec au moins un facteur de risque d’infection par BMR 
Les facteurs de risque démontrés d’infection par BMR sont : 
‐ antibiothérapie par pénicilline + inhibiteur, céphalosporine de 3ème génération, ou fluoroquinolone < 3 
mois 
‐ colonisation ou infection par entérobactérie BLSE, ou P. aeruginosa résistant à la ceftazidime < 3 mois 
‐  voyage  récent  (<  3  mois)  en  zone  d’endémie  d’entérobactéries  BLSE  (Europe  de  l’Est,  Bassin 
méditerranéen, Afrique sub‐saharienne, Asie, Amérique du sud) 
‐ hospitalisation à l’étranger < 12 mois 


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‐ patient vivant en EHPAD médicalisé ou soins de longue durée  ET porteur d’une sonde à demeure et/ou 
d’une gastrostomie   
‐  échec  de  traitement  par  une  antibiothérapie  à  large  spectre  par  céfépime,  ceftazidime  ou  pipéracilline‐
tazobactam. 
 
En  cas  de  culture  positive  à  BGN  (ECBU,  hémoculture,  liquide  biliaire…),  le  résultat  négatif  d’un  β‐
LACTATest®  doit  permettre  d’éviter  la  prescription  d’un  carbapénème  et  d’orienter  vers  d’une 
céphalosporine  de  3ème  génération  ou  de  céfépime  en  fonction  de  l’espèce  bactérienne  considérée  (cf 
chapitre 15)  
Ce test rapide peut être demandé en téléphonant à l’interne du laboratoire de bactériologie au 36033, 
entre 9h et 18h (cf chapitre 15) 


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c. Règles spécifiques par classes 
 
1. Bêta‐lactamines 
‐    En  cas  d’allergie  déclarée  aux  pénicillines,  seuls  les  antécédents  de  bronchospasme,  dechoc 
anaphylactique,  d’œdème  de  Quincke  ou  d’urticaire  (réactions  allergiques  de  type  1)  contre‐indiquent 
l’utilisation ultérieure de céphalosporines. Un patient ayant présenté́ une réaction allergique non de type 1 
aux  pénicillines  (95%  des  cas),  notamment  un  exanthème  maculopapuleux,  peut  être  traité  en  1ère 
intention par une céphalosporine. 
‐  Les  bêta‐lactamines  sont  des  antibiotiques  à  effet  «temps‐dépendant».  Le  paramètre 
pharmacocinétique/pharmacodynamique (PK/ PD) prédictif de l’efficacité thérapeutique est l’intervalle de 
temps entre 2 injections pendant lequel la concentration de l’antibiotique se situe au‐dessus de la CMI  de 
la bactérie responsable. Il s’exprime en pourcentage de la durée entre les administrations (ou intervalle des 
doses) pendant lequel les concentrations sanguines de la forme libre de l’antibiotique sont supérieures aux 
CMI des bactéries (%T > CMI). 
‐ L’oxacilline (Bristopen®) ne doit pas être utilisée per os du fait de sa mauvaise biodisponibilité. L’utilisation 
de la cloxacilline (Orbenine®)  per os doit être limitée aux infections peu sévères et/ou ne mettant pas en 
jeu le pronostic vital ou fonctionnel pour la mêmes raison. 
‐  Dans  les  méningites  et  les  endocardites,  un  dosage  des  pénicillines  et  des  céphalosporines  est 
indispensable. Il est recommandé d’adapter la posologie selon les résultats en accord avec l’U2TI. 
2. Aminosides 
 ‐  La durée de traitement par des aminosides est en général inférieure ou égale à 3 jours. 
‐  Les  aminosides  sont  des  antibiotiques  dont  l’efficacité  est    «concentration‐dépendante» ;  ils  sont 
administrés en dose unique journalière. 
‐ Le dosage de la concentration maximale (30 min après la fin de la perfusion) est indiqué pour contrôler 
l’efficacité dans les infections sévères (sepsis, choc septique) et en cas de neutropénie fébrile. 
‐ Le dosage de la concentration résiduelle est indiqué pour contrôler la toxicité en cas d’insuffisance rénale, 
ou dans les rares cas où la durée de traitement est > 3 jours.  
‐  En  cas  d’insuffisance  rénale,  la  posologie  de  la  1ère  dose  d’aminoside  est  identique  à  celle  administrée 
chez  le  sujet  normo‐rénal  (y  compris  chez  le  sujet  âgé).  La  réinjection  se  fait  ensuite  en  fonction  des 
dosages de la concentration résiduelle. 
 ‐ En cas de concentration résiduelle trop élevée, l’aminoside ne doit pas être administré, et le dosage  doit 
être contrôlé 12 heures plus tard 
‐ Les objectifs de concentration sont pour la gentamicine de 30 à 40 mg/L pour le pic, et < 0.5 mg/l pour la 
résiduelle, pour l’amikacine de 60 à 80 mg/L pour le pic, <2.5 mg/l pour la résiduelle. 
‐ Les concentrations doivent être adaptées à la CMI si celle‐ci est connue. 

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3. Fluoroquinolones (FQ) 
‐ Les FQ ne sont pas indiquées en première intention dans les infections communautaires, à l’exception des 
infections  urinaires  parenchymateuses  (pyélonéphrites  et  infections  urinaires  masculines  fébriles)  et  des 
diarrhées infectieuses. 
‐ Les FQ ne sont pas indiquées en traitement probabiliste en cas de traitement antérieur par FQ dans les 6 
derniers mois (risque de résistance). 
‐ Il faut éviter de prescrire une FQ dans les situations où d’autres antibiotiques à spectre plus étroit peuvent 
être utilisés. 
‐  Préférer  l’ofloxacine  aux  autres  fluoroquinolones,  sauf  en  cas  d’infection  documentée  à  Pseudomonas 
aeruginosa, ou sur avis d’un infectiologue. 
‐ Chaque fois que possible, préférer une association bêta‐lactamine + aminoside à bêta‐lactamine + FQ.  
‐ Prescrire la forme orale chaque fois que possible (très bonne biodisponibilité). 
‐ Réaliser un ECG avant prescription de lévofloxacine chez les sujets âgés (risque d’allongement du QT). 
4. Glycopeptides 
‐  Les  glycopeptides  sont  des  antibiotiques  à  effet  «temps‐dépendant»,  nécessitant  le  fractionnement  des 
doses, ou mieux une perfusion IV continue. 
‐  La  vancomycine  est  prescrite  préférentiellement  en  continu  à  la  posologie  de  15‐20  mg/kg  en  1  heure 
(dose  de  charge)  quelle  que  soit  la  clairance  de  la  créatinine,  immédiatement  suivie  d’une  dose  de  30 
mg/kg/j en continu sur 24h, pour les patients à fonction rénale normale. 
‐  Elle  peut  également  être  prescrite  en  perfusion  discontinue,  à  la  posologie  de  30  mg/kg/j,  en  2  à  3 
perfusions par jour chez le sujet à fonction rénale normale. 
‐ Les concentrations doivent être mesurées uniquement pour les valeurs résiduelles (perfusion discontinue) 
ou de plateau (perfusion continue). 
‐Les objectifs de concentration de plateau en perfusion continue sont de 20‐30 mg/l, voire plus pour des 
infections graves (30‐40 mg/l). 
‐ Les objectifs de concentration résiduelle en perfusion discontinue sont de 15‐20 mg/l. 
‐ Les concentrations résiduelles de teicoplanine ne seront mesurées qu’après les doses de charge, avec des 
objectifs de concentrations entre 20 et 30 mg/L 
5. Macrolides 
‐  Les  macrolides,  (dans  une  moindre  mesure  la  spiramycine),  présentent  des  interactions 
médicamenteuses,  notamment  avec  les  statines  et  certains  immunosuppresseurs.  Vérifier 
systématiquement l’absence d’interaction avec les traitements du patient. 
‐ Réaliser un ECG avant prescription de macrolides chez les sujets âgés (risque d’allongement du QT). 

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3. Infections respiratoires 
 

a. Pneumonies communautaires 
 
Traitement ambulatoire ou hospitalier ? 
Score CRB65 : C = confusion mentale, R =respiratory rate (fréquence respiratoire) ≥ 30/mn, B = blood pressure 
(pression artérielle) systolique < 90 mm Hg ou diastolique ≤ 60 mm Hg, âge >65ans. 
En l’absence des 4 critères, le traitement ambulatoire est possible en tenant compte du contexte social, de 
l’entourage et des comorbidités.  
La présence d’au moins un critère nécessite d’évaluer le patient à l’hôpital. 
Durée de traitement : 5 jours chez le patient immunocompétent, en cas d’évolution favorable à J3, et patient 
apyrétique depuis plus de 48h à J5, en l’absence de ces critères : 7 jours. (légionellose, cf tableau) 

Ambulatoire 

1ère intention 

En cas d’échec à 48‐72h 

Sujet jeune sans comorbidité 
Début brutal 
Suspicion 
Fièvre élevée, frissons, foyer 
pneumocoque 

Amoxicilline 
 

Pristinamycine 

Suspicion atypique 

Spiramycine  

Amoxicilline 

1. Amoxicilline‐acide 
clavulanique  
2. Pristinamycine si allergie 
pénicilline 

Hospitalisation 

1. Amoxicilline‐acide 
clavulanique   
2. Allergie : pristinamycine 
1. Amoxicilline  

Hospitalisation 

Pneumonie post‐
grippale  

de crépitants 
Opacité alvéolaire 
systématisée 
CRP élevée 
Début progressif 
Toux sèche 
Syndrome interstitiel 
Probabilité plus élevée de S. 
aureus  

Sujet > 75 ans ou  patient avec comorbidités 
Situation générale 
 

Drépanocytose 

Prédominance 
pneumocoque 

 

2. Allergie : pristinamycine 

Hospitalisé sans signe de gravité 

1ère intention 

Sujet jeune 
Sujet âgé ou avec comorbidités 

Amoxicilline  
‐ Association avec spiramycine  
1. Amoxicilline‐acide 
‐ Echec béta‐lactamine : association 
clavulanique  
avec spiramycine 
2. Allergie : lévofloxacine 
1. Amoxicilline‐acide clavulanique 
2.  Allergie : clindamycine 
1. Amoxicilline‐acide clavulanique  
2. Allergie : lévofloxacine  

Suspicion pneumonie d’inhalation* 
Pneumonie post‐
grippale  

Suspicion S. aureus 

En cas d’échec à 48‐72h 

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Pneumonie grave, hospitalisation en soins intensifs ou en réanimation 
Absence de facteur de risque d‘infection à P. aeruginosa 
Céfotaxime +  spiramycine IV 
Facteur de risque d’infection à P. aeruginosa** 
Pipéracilline‐tazobactam  
+ amikacine pendant 3 jours 
+ spiramycine IV 
Légionellose 
Non grave, immunocompétent 
1. Azithromycine 5 jours 
Grave : hospitalisation en réanimation, ou patient immunodéprimé 
1. Lévofloxacine 21 jours 
2. Bithérapie lévofloxacine + spiramycine 21 jours 
 
*En cas d’utilisation d’une C3G pour une suspicion de PNP d’inhalation, pas d’indication à associer du metronidazole. 
**facteurs de risque d’infection à P. aeruginosa : bronchectasies, mucoviscidose, antécédents d’exacerbations de 
BPCO dues à P. aeruginosa, colonisation à P. aeruginosa. 

b. Pneumonies nosocomiales (hors pneumonie acquise sous ventilation mécanique) 
 
‐ Réalisation d’une antigénurie légionelle, d’un prélèvement respiratoire et d’hémocultures systématiques 
‐ En cas de colonisation respiratoire connue (P. aeruginosa, BMR), prise en compte dans l’antibiothérapie probabiliste 
‐ Arrêt du macrolide à 48h en cas de bithérapie initiale si l’antigénurie légionelle est négative 
‐ Durée de traitement : 7 jours                                                                                                              
‐ Dans les pneumonies documentées à P. aeruginosa : discuter une antibiothérapie de 14 jours                  
‐ Si adjonction d’un aminoside initialement : durée du traitement par aminoside ≤ 3 jours 
 
Pneumonie nosocomiale précoce ≤ 4 jours 
Pneumocoque, S. aureus méti‐S,  
Sans signe de gravité 
H. influenzae, entérobactéries 
 
Avec signes de gravité 
Allergie à la pénicilline 

Amoxicilline‐acide clavulanique 
 
Céfotaxime + spiramycine  
 
Lévofloxacine  

Pneumonie nosocomiale tardive ≥ 5 jours 
Hospitalisation en  SSR ou SLD 

Sans signe de gravité 

Amoxicilline‐acide clavulanique 
 
P. aeruginosa,  
Sans signe de gravité 
Céfotaxime 
entérobactéries,  
 
Si facteur de risque d’infection à              P. 
Fréquence des BMR 
aeruginosa* ou antibiothérapie préalable 
par bétalactamine : pipéracilline‐
tazobactam 
 
Avec signes de gravité 
Pipéracilline‐tazobactam 
+/‐ amikacine  
 facteurs de risque d’infection à P. aeruginosa : bronchectasies, mucoviscidose, antécédents d’exacerbations 
de BPCO dues à P. aeruginosa, colonisation à P. aeruginosa 
 

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c. Bronchites et exacerbations de BPCO 
 
Durée de traitement : 5 jours 
Situation 
Bronchite aiguë en 
l’absence de BPCO 
BPCO stade I ou II 

Remarques 
Antibiothérapie 
Origine virale > 50% 
Pas d’antibiothérapie 
 
Absence de dyspnée (hors exacerbation) ou  Pas d’antibiothérapie 
VEMS>50% 
Virus, H. influenzae, S. pneumoniae,  
B. catarrhalis 
BPCO stade III 
Dyspnée d’effort (hors exacerbation)  
Antibiothérapie si expectorations purulentes 
ou VEMS 30‐50% 
1. Amoxicilline   
Virus, H. influenzae, S. pneumoniae,  
2. Allergie : pristinamycine   
B. catarrhalis 
BPCO stade IV 
Dyspnée de repos (hors exacerbation) ou 
1. Amoxicilline‐acide clavulanique   
VEMS<30% 
 2. Allergie : Lévofloxacine   
Virus, H. influenzae, S. pneumoniae, B. 
catarrhalis, S. aureus, entérobactéries, P. 
aeruginosa  
Pour tous les stades de BPCO : si le patient n’est pas vacciné contre le pneumocoque, prescrire une dose de vaccin 
PREVENAR 13 puis PNEUMVAX deux mois après à faire par le médecin traitant à distance de l’exacerbation 
 
Stade I : VEMS ≥ 80 %, stade II : 50 % ≤ VEMS < 80 %, stade III : 30 % ≤ VEMS < 50 %, stade IV: VEMS < 30 % ou VEMS ≤ 
50 % ET insuffisance respiratoire (PaO2 < 60mmHg avec/sans PaCO2 > 50mmHg) ou 
insuffisance cardiaque droite clinique 
 

d. Grippe saisonnière 
 
‐ Précautions complémentaires : contact + gouttelettes (masque chirurgical) jusqu’à guérison clinique 
‐ Traitement anti‐viral curatif :  
oseltamivir (Tamiflu) 75 mgX2/jour pendant 5 jours (adapter à la fonction rénale) dans les situations suivantes : 
‐ Signes de gravité : sepsis sévère, détresse respiratoire, pneumonie 
‐ Personnes séjournant dans un établissement de soins de suite ainsi que dans un établissement médico‐
social d’hébergement 
‐ Patient hospitalisé pour grippe 
‐ Terrain à risque de grippe grave défini comme : 
‐ affections broncho‐pulmonaires chroniques (asthme, BPCO, insuffisance respiratoires chroniques…) 
‐ cardiopathies congénitales cyanogènes ou avec une HTAP et/ou une insuffisance cardiaque 
‐ insuffisances cardiaques graves ; valvulopathies graves ; troubles du rythme graves 
‐ coronaropathie 
‐ antécédents d’accident vasculaire cérébral 
‐ formes graves des affections neurologiques et musculaires 
‐ paraplégies et tétraplégies avec atteinte diaphragmatique 
‐ néphropathies chroniques graves ; syndromes néphrotiques  
‐ drépanocytoses, homozygotes et doubles hétérozygotes S/C, thalasso‐drepanocytose 
‐ diabète 
‐ déficits immunitaires primitifs ou acquis (VIH…) 
‐ femmes enceintes 
‐ personnes obèses (IMC≥30).  

 
‐ Traitement antiviral prophylactique :  
oseltamivir (Tamiflu) 75 mg/jour 10 jours, en cas de contage grippal  < 48h ET terrain à risque de grippe grave 

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4. Infections ORL 
 
‐ Durées de traitement : otite et sinusite maxillaire : 5 jours, sinusite d’autre localisation : 10 jours 
Rhinopharyngite 
 
Angine aiguë 
Erythémateuse ou 
érythémato‐pultacée 

Pseudo‐membraneuse 
Ulcéro‐nécrotique 

Otite moyenne aiguë 
Pauci‐symptomatique (otite 
congestive) 
Fièvre élevée, otalgie 
intense 
Association conjonctivite, 
ou échec Amoxicilline 
Sinusite aiguë 
Maxillaire non compliquée 
Maxillaire non compliquée 
mais suspicion d’infection 
bactérienne 

Maxillaire unilatérale avec 
infection dentaire 
Frontale, ethmoïdale ou 
sphénoïdale 

Origine virale 

Pas d’antibiothérapie 

Score de Mac Isaac1 <2  
(origine virale probable) 
 
Score de Mac Isaac1  > 2 : faire un TDR2  

Pas d‘antibiothérapie 

TDR (‐) : pas d’antibiothérapie 
TDR (+) 
1. Amoxicilline 6 jours 
2. Allergie : azithromycine 3 jours  
(+ prélèvement de gorge pour confirmation de 
sensibilité aux macrolides) 
 

Virus d’Epstein‐Barr, primo‐infection VIH 
Diphtérie3 
Fusobacterium sp., Borrelia vincenti (Angine de  Avis spécialisé 
Vincent) 
 
Syphilis, gonocoque 
Agranulocytose 
 
Virus probable 

Traitement symptomatique et 
réévaluation à 48h 
1. Amoxicilline  
2. Allergie : pristinamycine  
1. Amoxicilline‐acide clavulanique 
2. Allergie : lévofloxacine   

Pneumocoque 
H. influenzae 

Symptômes diffus, intensité modérée, 
rhinorrhée séreuse ou peu purulente 
Pneumocoque, H. influenzae 
Si > 2 critères parmi : 

Traitement symptomatique et 
réévaluation à 48h 
1. Amoxicilline  
2. Allergie : pristinamycine  

‐  persistance  ou  aggravation  des  douleurs  après  48h  de 
traitement symptomatique 
‐  douleur  unilatérale,  augmentation  tête  penchée  en 
avant,  caractère  pulsatile,  acmé  en  fin  d’après‐midi  et  la 
nuit 
‐  augmentation  de  la  rhinorrhée,  caractère  continu  de  la 
purulence 

Anaérobies, pneumocoque,  

1. Amoxicilline‐acide clavulanique  
2. Allergie : pristinamycine  
1. Amoxicilline‐acide clavulanique 
Recherche signes de complication : 
syndrome méningé, exophtalmie, œdème palpébral, 
2. Allergie : lévofloxacine  
troubles de la mobilité oculaire, douleurs insomniantes 
 
 
Si complication : EN URGENCE 
‐ Hospitalisation 
‐ Scanner des sinus +/‐ cérébral 
‐ Prélèvements bactériologiques 
‐ Antibiothérapie IV 
‐ Avis ORL 
1
 Score de Mac Isaac : Fièvre > 38°C = 1 ; Absence de toux = 1, Adénopathies cervicales antérieures = 1, Atteinte 
amygdalienne (↑ volume ou exsudat) = 1, Age : 15 à 44 ans = 0, > 45 ans = ‐1   
2
 TDR : Test de Diagnostic Rapide du Streptocoque du groupe A 

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Evoquer diphtérie si : absence de vaccination, retour d’une zone géographique en situation d’épidémie (Inde, 
Indonésie, Madagascar, Europe de l’Est, Russie, Maghreb), adhérence des membranes, syndrome toxique, dyspnée. 
Réaliser un prélèvement de gorge et envisager la sérothérapie. 
 

 

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5. Infections uro‐génitales   
 

a. Infections urinaires communautaires 
 
Durées de traitement 
‐ Cystite aiguë simple : 1 jour (fosfomycine‐trométamol) , 5 jours (pivmeciillinam ou nitrofurantoïne) 
‐ Cystite à risque de complication : 5 jours (cotrimoxazole) 7 jours  (autres antibiotiques)                                                   
‐ Colonisation urinaire gravidique, cystite gravidique : 7 jours (sauf fosfomycine‐trométamol dose unique)            
‐ PNA simple traitée par fluoroquinolone ou C3G IV : 7 jours                                                                                              
‐ PNA, autres situations (y compris au cours de la grossesse) : 10 jours                                                                           
‐ Infections urinaires masculines fébriles : 14 jours (21 jours si uropathie, immunodépression grave, traitement autre 
que FQ ou cotrimoxazole) 
 
Cystites 
Cystite simple 

BU, pas d’ECBU 

1. Fosfomycine‐trométamol  DU 
2. Pivmécillinam 5 jours 
 
Cystite à risque de 
Traitement différé après antibiogramme (à privilégier si possible) 
complication* 
1. Amoxicilline   
2. Pivmécillinam  
3. Fosfomycine‐trométamol  
Traitement probabiliste (à adapter après antibiogramme) 
1. Nitrofurantoïne 
2. Fosfomycine‐trométamol 
Pyélonéphrite ou infection urinaire masculine sans signe de gravité : traitement probabiliste 
Pour les pyélonéphrites : traitement débuté sans attendre les résultats de l’antibiogramme. 
Pour les IU masculines : en cas de patient pauci‐symptomatique, sans fièvre, sans rétention aiguë d’urine, et en l’absence 
d’immunodépression : attendre antibiogramme pour débuter une antibiothérapie d’emblée adaptée au germe. 
 

Cefotaxime ou ceftriaxone IV/IM, ou ofloxacine** PO 
Pyélonéphrite aiguë grave / infection urinaire masculine grave : traitement probabiliste 
 Situation générale : céfotaxime + amikacine 
 
 Antécédent d’infection urinaire à EBLSE < 6 mois 
 ou colonisation urinaire à EBLSE <6 mois                                             imipénème*** + amikacine 
 ou choc septique + 1 facteur de risque d’infection à EBLSE**** 
Traitement de relais selon antibiogramme 
 Pyélonéphrite : amoxicilline (à privilégier sur souche sensible), ofloxacine, cotrimoxazole (alternatives sur avis 
infectiologique)   
 Infection urinaire masculine***** 
1. Ofloxacine 
2. Cotrimoxazole 
Colonisation urinaire gravidique 
1. Amoxicilline  
2. Pivmécillinam  
3. Fosfomycine‐trométamol 3g DU 
ECBU de contrôle 8 jours après la fin du traitement puis mensuel jusqu’à l’accouchement 
 

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*  infections  urinaires  à  risque  de  complication :  toute  anomalie  organique  ou  fonctionnelle  de  l'arbre  urinaire, 
grossesse, sujet âgé, immunodépression grave, insuffisance rénale chronique sévère (clairance < 30 ml/min) 
** éviter les fluoroquinolones en traitement probabiliste, en cas de traitement par quinolone dans les 6 derniers 
mois : risque de résistance 
***  en cas d’ECBU positif à BGN, le résultat négatif d’un β‐LACTATest® doit permettre d’éviter la prescription d’un 
carbapénème et d’orienter vers d’une céphalosporine de 3ème génération ou de céfépime en fonction de l’espèce 
bactérienne considérée (cf chapitre 15)  
****  facteurs  de  risque  d’infection  par  une  entérobactérie  productrice  de  BLSE  (EBLSE) :  colonisation  urinaire  ou 
infection  urinaire  à  EBLSE  <  6  mois,  antibiothérapie  par  pénicilline+inhibiteur,  céphalosporine  de  2ème  ou  3ème 
génération,  ou  fluoroquinolone  <  6  mois,  voyage  récent  en  zone  d'endémie  d'EBLSE  (Europe  de  l’Est,  Bassin 
méditerranéen,  Afrique  sub‐saharienne,  Asie,  Amérique  du  sud),  hospitalisation  <  3  mois,  vie  en  établissement  de 
long‐séjour 
***** le céfixime, l’amoxicilline‐acide clavulanique, la fosfomycine+trométamol, la nitrofurantoine n’ont pas de place 
dans  le  traitement  des  IU  masculines  en  relais  ou  en  traitement  probabiliste,  en  raison  d’une  diffusion  prostatique 
insuffisante 
 

b. Infections urinaires liées aux soins : traitements probabilistes 
 
Pyélonéphrite aiguë ou infection urinaire masculine sans signe de gravité 
 Sans facteur de risque d’EBLSE* : Cefotaxime 
 ≥ 1 facteur de risque d’EBLSE* : Cefotaxime + amikacine 
Sepsis grave ou choc septique   
 Sans facteur de risque d’EBLSE* : pipéracilline‐tazobactam + amikacine 
 ≥ 1 facteur de risque d’EBLSE* : Imipénème**+ amikacine 
 
*  facteurs  de  risque  d’infection  par  une  entérobactérie  productrice  de  BLSE  (EBLSE) :  colonisation  urinaire  ou 
infection  urinaire  à  EBLSE  <  6  mois,  antibiothérapie  par  pénicilline+inhibiteur,  céphalosporine  de  2ème  ou  3ème 
génération, ou fluoroquinolone < 6 mois, voyage récent en zone d'endémie d'EBLSE, hospitalisation < 3 mois, vie en 
établissement de long‐séjour. 
** si ECBU positif à BGN le résultat négatif du β‐LACTATest® doit permettre la désescalade vers une céphalosporine 
de 3ème génération 
 
 

 

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c. Infections génitales 
 
‐ Durées de traitement                                                                                                                                                                 
‐ Dose unique : urétrite et cervicite                                                                                                                                          
‐ 5 jours : récurrence herpétique                                                                                                                                              
‐ 10  jours : primo‐infection herpétique                                                                                                                                    
‐ 10 jours : infection génitale haute non compliquée (endométrite, salpingite)                                                                 
‐ 14 jours : infection génitale haute compliquée (abcès tubo‐ovarien, pelvipéritonite, lymphogranulomatose 
vénérienne) 
Urétrite / cervicite 

[Ceftriaxone * + azithromycine] dose unique 

Traitement systématique   
N. gonorrhoeae et  
C. trachomatis 

Alternative à l’azithromycine : doxycycline 7 jours 
Traitement de N. gonorrhoeae, patient allergique aux 
bétalactamines : gentamicine 240mg IM/IV  
M. genitalium 
Azithromycine 5 jours 
T. vaginalis 
Métronidazole dose unique 
Vulvo‐vaginites 
Ne sont pas des IST : pas de dépistage systématique, ni de traitement du partenaire 
T. vaginalis 
Métronidazole dose unique 
Candida albicans 
Econazole 150mgLP ovule 1/j 3 jours 
+ imidazolé topique 2 fois/j 7 jours 
Endométrites, 
C. trachomatis +++,   
Ceftriaxone IV/ IM  
salpingites** 
N. gonorrhoeae, entérobactéries 
+ doxycycline PO 
(E. coli),  
+ métronidazole PO 
S. agalactiae, G. vaginalis, 
 
anaérobies 
Herpès génital 
 
Valaciclovir  
Syphilis 
Primaire ou < 1 an 
Benzathine‐pénicilline 2,4 MU IM, dose unique 
Allergie : doxycycline 14 jours 
Secondaire ou latente > 1 an 
Benzathine‐pénicilline 2,4 MU IM, 3 doses à une semaine 
d’intervalle (J1‐J8‐J15) 
Allergie : doxycycline 28 jours 
Tertiaire 
Pénicilline G 20 MU/j IV 14 jours 
Lymphogranulomatose vénérienne 
 
C. trachomatis 
Doxycycline 
 
*  les  traitements  suivants  ne  sont  plus  recommandés  sur  N.  gonorrhoeae:  céfixime  (efficacité  insuffisante  en  cas 
d’atteinte pharyngée ou ano‐rectale, souches de sensibilité diminuée décrites) et ciprofloxacine (>50% de résistance) ‐ 
à réserver aux situations sans alternative. 
**l’association  amoxicilline‐acide  clavulanique  +  fluoroquinolone  n’est  plus  recommandée  (résistance  des 
entérobactéries à l’amoxicilline‐acide clavulanique et de N. gonorrhoeae aux quinolones).  
Principes généraux de prise en charge des infections sexuellement transmissibles (IST) : 
‐ réaliser les prélèvements microbiologiques avant traitement, qui doit être débuté lors de la consultation 
‐  dépistage  systématique  d’un  portage  pharyngé  et  anal  de  N.  gonorrhoeae  chez  l’homosexuel  masculin  et  chez  la 
femme (fréquence des infections asymptomatiques) 
‐  en  présence  d’une  IST,  rechercher  systématiquement  les  autres  (N.  gonorrhae,  C.  trachomatis,  syphilis,  VIH, 
hépatites B et C). En cas d’urétrite récidivante après traitement : rechercher aussi M. genitalium. 
‐ dépister et traiter le(s) partenaire(s), rapports protégés jusqu’à la consultation de contrôle à J7 

 

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6. Infections intra‐abdominales 
 
‐ Durées de traitement :     

‐ ≤  24 heures :                          
‐ Diarrhée aiguë traitée par azithromycine dose unique                                                                                                      
‐ Perforation digestive opérée, appendicite opérée non perforée, cholécystite opérée dans les 24 heures, non 
compliquée                                                                                                                                                                                    
‐ 3 jours :  
‐ Diarrhée aiguë nécessitant une antibiothérapie (sauf Yersinia enterocolitica)                                                                                                    
‐ Péritonite communautaire localisée opérée ou drainée, angiocholite drainée                                                             
‐ 4 jours : péritonite communautaire généralisée opérée ou drainée                                                                               
‐ 5 jours :                                                                                                            
‐ Infection de liquide d’ascite, communautaire (48h après normalisation du liquide d’ascite ET au moins 5 jours de 
traitement)                                                                                                                                                                              
‐ Fièvre typhoïde non compliquée                                                                                                                   
‐ 7 jours : diarrhée à Yersinia enterocolitica                                                                                                                            
‐ 8 jours : péritonite post‐opératoire si le traitement antibiotique probabiliste est actif sur les germes isolés en 
peropératoire                                                                                                                                                                                
‐ 10 jours : infection à Clostridium difficile toxinogène, fièvre typhoïde compliquée, angiocholite non drainée 
 
Diarrhée aiguë 
infectieuse 

Contexte de gastro‐entérite 
Selles cholériformes et t°<38°5 
sans signe de gravité 
Selles dysentériques ou 
t°>38°5 
Yersinia enterocolitica 
Suspicion de typhoïde 

Typhoïde après 
antibiogramme, si relais oral 
Colite à C. difficile 

Sans signe de gravité, 

Traitement symptomatique 
Traitement symptomatique 
En l’absence d’amélioration à 72h : azithromycine 
Avec signes de gravité : céfotaxime + métronidazole 
Sans signe de gravité : azithromycine  
ciprofloxacine 
Ceftriaxone 2 g/j 
Allergie : azithromycine 
 dans l’attente de l’identification et l’antibiogramme 
1. Ciprofloxacine  
2. Non compliquée et sensibilité diminuée aux FQ : 
azithromycine 
Métronidazole PO  

 1er épisode ou 1ère récidive 

Diarrhées parasitaires 

Avec signe de gravité 
 ou 2ème récidive, ou échec de 
traitement 
Patient à haut risque de 
rechute* 
Ileus, mégacolon toxique, choc 
Giardiose 
Cryptosporidiose 
Isosporose, cyclosporose 

Amoebose colique 

Vancomycine PO  125 mgX4/jour 

Sur avis infectiologue : fidaxomicine  
Métronidazole IV + vancomycine par SNG 
Métronidazole 7 jours 
2ème cure à J15 
Nitazoxanide (ATU) 1gX2/j 
Cotrimoxazole 160/800mg (Bactrim forte) X4/j 10 jours 
Puis traitement d’entretien à ½ dose si immuno‐
dépression 
Métronidazole 7 jours 
+ tiliquinol‐tibroquinol 2 gélulesX2/j 10 jours 

19 
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Infections chirurgicales 
communautaires 

Sans signe de gravité 
Avec signe de gravité 

Appendicite, sigmoïdite 
Péritonite 
Cholécystite, angiocholite 

Infections intra‐
abdominales associées 
aux soins 

Infections hépatiques 

Absence de facteur de risque 
de BMR*** 
Au moins 2 facteurs de risque 
de BMR*** 
Choc septique + 1 facteur de 
risque de BMR*** 
 Abcès hépatique à pyogènes 

Cefotaxime + métronidazole 
Pipéracilline‐tazobactam + amikacine  
+/‐ caspofungine    ** 
Allergie aux pénicillines :  
[Aztréonam + vancomycine + métronidazole + amikacine] 
Pipéracilline‐tazobactam +/‐ amikacine 
 +/‐ caspofungine** 
Imipénème+ amikacine  
Imipénème+ amikacine 

[Cefotaxime + métronidazole] +/‐  amikacine  
Relais possible selon antibiogramme par 
amoxicilline‐acide clavulanique PO  
ou [ciprofloxacine + métronidazole] 
Durée 6 semaines 
Amoebose hépatique 
Métronidazole 10 jours 
+ tiliquinol‐tibroquinol 2 gélulesX2/j 10 jours 
Infection de liquide d’ascite 
Céfotaxime  
*  facteurs  de  risque  de  rechute  des  infections  à  C.  difficile :  âge  >  65  ans,  poursuite  d’un  traitement  antibiotique 
autre  que  celui  de  l’infection  à  C.  difficile,  comorbidité  sévère,  insuffisance  rénale,  >  1  récidive,  traitement  par 
inhibiteur de la pompe à protons, sévérité initiale 
** indication de la caspofungine dans les infections chirurgicales graves (communautaires ou liées aux soins), sauf 
cholecystite et angiocholite : présence de levures à l’examen direct ou à la culture  du liquide péritonéal OU présence  
d’au  moins  3  critères  parmi :  défaillance  hémodynamique,  sexe  féminin,  chirurgie  sus‐mésocolique,  antibiothérapie 
depuis plus de 48 heures.  Posologie : 70 mg J1, puis 70 mg/j (poids ≥ 80kg) ou 50 mg/j (poids <80kg) 
*** facteurs de risque d’infection par bacilles GRAM négatif multi‐résistants (BMR) :  
1.

Traitement antérieur par C3G ou fluoroquinolone (dont monodose) dans les 3 mois 

2.

Portage d’une entérobactérie BLSE, ou P. aeruginosa résistant à la ceftazidime, sur un prélèvement de moins de 3 
mois, quel que soit le site 

3.

Hospitalisation à l’étranger dans les 12 mois précédents 

4.

Patient  vivant  en  EHPAD  médicalisé  ou  soins  de  longue  durée   ET  porteur  d’une  sonde  à  demeure  et/ou  d’une 
gastrostomie  

5.

Echec  de  traitement  par  une  antibiothérapie  à  large  spectre  par  céphalosporine  de  3°  génération  ou 
fluoroquinolone ou pipéracilline‐tazobactam 

6.

Récidive précoce (< 15 jours) d’une infection traitée par pipéracilline‐tazobactam  pendant au moins 3 jours   

 
 

 

 

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7. Méningites bactériennes 
 
‐ Durées de traitement 
‐ 5 jours : méningite à méningocoque                                                                                                                    
‐ 7 jours : méningite à pneumocoque ou Haemophilus influenzae                      
‐ 14 jours: méningite à S. agalactiae                                             
‐ 21 jours : méningite à Listeria monocytogenes, bacilles GRAM négatif autres que H. influenzae 
 
Avant examen direct 
Purpura fulminans 

Orientation 
Méningocoque / 
pneumocoque 

Otite, sinusite 
ATCD traumatisme crânien 
Alcoolisme 
Age > 50 ans 
Immunodépression 
Rhombencéphalite 

Pneumocoque 

 
Antibiotiques à administrer en urgence (première 
dose) : Ceftriaxone 1g ou Cefotaxime 1g 
Allergie grave aux bétalactamines : ciprofloxacine 
500mg 
Céfotaxime 300 mg/kg/j IV, soit en 4 perfusions, soit 
en IVSE avec dose de charge de 50 mg/kg 

Cocci GRAM (+) 

Listeria 
sans pouvoir éliminer 
méningocoque / 
pneumocoque 
Méningocoque / 
pneumocoque 
Après identification par PCR 
multiplexe 
Pneumocoque 

Cocci GRAM (‐) 

Méningocoque 

Bacilles GRAM (+) 

Listeria 

Bacilles GRAM (‐) 

H. influenzae 

Absence de signe 
d’orientation 
Après examen direct 

Après identification et antibiogramme 
Streptococcus pneumoniae 
CMI amoxicilline < 0,1 mg/l 

Amoxicilline 200 mg/kg/j IV en 4 perfusions ou en 
IVSE ET 
Céfotaxime 300 mg/kg/j IV, soit en 4 perfusions, soit 
en IVSE avec dose de charge de 50 mg/kg 
Céfotaxime 300 mg/kg/j IV, soit en 4 perfusions, soit 
en IVSE avec dose de charge de 50 mg/kg 
 
Céfotaxime 300 mg/kg/j IV, soit en 4 perfusions, soit 
en IVSE avec dose de charge de 50 mg/kg 
Céfotaxime 200 mg/kg/j IV, soit en 4 perfusions, soit 
en IVSE avec dose de charge de 50 mg/kg 
Amoxicilline 200 mg/kg/j IV en 4 perfusions ou en 
IVSE + gentamicine 3‐5 mg/kg X1/j 
Céfotaxime 200 mg/kg/j IV, soit en 4 perfusions, soit 
en IVSE avec dose de charge de 50 mg/kg 

Amoxicilline 200 mg/kg/j IV en 4 perfusions ou en 
IVSE 
Céfotaxime 300 mg/kg/j IV  
(ou 200 mg/kg/j si CMI<0,5 mg/l)  

CMI amoxicilline ≥ 0,1 mg/l 
Neisseria meningitidis 
CMI amoxicilline < 0,1 mg/l 
CMI amoxicilline ≥ 0,1 mg/l 
Autres 
Listeria monocytogenes 

Amoxicilline 200 mg/kg/j ou maintien C3G 
Céfotaxime 200 mg/kg/j IV  
Amoxicilline 200 mg/kg/j 
+ gentamicine 3‐5 mg/kg X1/j les 7 premiers jours 

Haemophilus influenzae 
Céfotaxime 200 mg/kg/j IV  
Prophylaxie dans l’entourage d’un patient avec infection invasive à méningocoque 
Lien vers la circulaire DGS du 24/10/2014 : 
1. Rifampicine 600 mgX2/j 2 jours 
http://circulaire.legifrance.gouv.fr/pdf/2014/11/cir_38936.pdf  2. Ciprofloxacine 500 mg PO DU 
 
 

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Principes généraux 
‐ Antibiothérapie à débuter dans l’heure qui suit l’arrivée 
‐ En cas de scanner avant la PL (à faire uniquement si déficit neurologique focal sauf paires crâniennes, épilepsie de 
novo, Glasgow <10, immunodépression profonde) : prélever une hémoculture et débuter l’antibiothérapie 
probabiliste et la dexaméthasone avant le scanner 
‐ En cas de suspicion de pneumocoque ou méningocoque : débuter avant ou en même temps que l’antibiothérapie 
dexaméthasone 10 mgX4/jour pendant 4 jours 
‐ Dosage des beta‐lactamines systématique  
 

 

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8. Bactériémies et candidémies liées aux cathéters (BLC) 
 
‐  Le  diagnostic  est  généralement  évoqué  lorsqu’il  existe  un  différentiel  de  temps  de  culture  >  2  heures  entre  les 
hémocultures  prélevées  sur  une  veine  périphérique  et  les  hémocultures  prélevées  sur  le  cathéter,  lorsque  ces  2 
prélèvements ont été réalisés à la même heure.  
‐ Le retrait du cathéter veineux central est la règle habituelle. Il est indiscutable dans les situations suivantes : 
‐ choc septique ou sepsis sévère 
‐ écoulement purulent (tunnelite) ou signes inflammatoires locaux 
‐ complications : thrombophlébite, endocardite, ostéomyélite 
‐ S. aureus, S. lugdunensis, P. aeruginosa, A. baumanii, Stenotrophomonas, bactérie multi‐résistante, levure 
‐ échec de traitement conservateur (persistance de la bactériémie > 72h) 
‐ antécédent d’infection au même germe 
‐  Dans  les  cas  où  un  traitement  conservateur  du  cathéter  veineux  central  est  décidé,  un  verrou  antibiotique  est 
effectué, avec de la vancomycine en cas d’infection à cocci GRAM positif, ou de l’amikacine en cas d’infection à bacille 
GRAM négatif. 
‐ Protocole de verrou antibiotique (une fois/24h) 
Le  verrou  est  injecté  dans  la  chambre  une  fois  par  jour,  et  la  chambre  ne  doit  pas  être  utilisée  dans  les  12  heures 
suivant l’injection. 
La  solution  antibiotique  doit  être  préparée  quotidiennement  de  manière  aseptique  (port  de  gants  stériles,  port  de 
masque, manipulation des robinets avec des compresses imbibées de Biseptine®). 
Vancomycine à la concentration de 5 mg/ml : 
1‐ 

reconstituer un flacon de 125mg de vancomycine avec 10mL de NaCl 0.9% 

2‐ 

prélever toute la solution obtenue et compléter jusqu’à 25mL avec du NaCl 0.9%  

3‐ 

prélever 5mL de ce mélange, et jeter le reste 

4‐ 

aspirer le verrou précédent (5mL) et effectuer un rinçage pulsé (10ml) 

5‐ 
injecter en une fois les 5mL de solution de vancomycine à 5mg/mL obtenue directement dans le PAC (2.5 mL 
pour un cathéter veineux central ou cathéter de Canaud, à faire dans chacune des branches) 
Amikacine (= Amiklin®) à la concentration de 2mg/mL : 
1‐  reconstituer une ampoule de 500mg d’amikacine dans un pochon de 250mL de NaCl 0.9% 
2‐  prélever 5mL de ce mélange, et jeter le reste 
3‐  aspirer le verrou précédent (5mL), effectuer un rinçage pulsé (10ml) 
4‐  injecter en une fois les 5mL de solution d’amikacine à 2mg/mL obtenue directement dans le PAC (2.5mL pour un 
cathéter veineux central ou cathéter de Canaud, à faire dans chacune des branches) 

23 
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‐  Une  échographie  trans‐oesophagienne  et  une  échographie  Doppler  veineuse  sur  le  site  du  cathéter  sont 
indispensables en cas de bactériémie à S. aureus, de candidémie, de persistance de fièvre ou hémocultures positives 
>72h après le début du traitement 
 
‐ Durée de traitement systémique 
‐ 5 jours : BLC à Staphylocoque coagulase négative, après retrait du cathéter 
‐ 7 jours : BLC à streptocoque, entérocoque ou bacille Gram négatif, après retrait du cathéter 
‐ 10 jours (+ verrou local d’antibiotiques) : BLC si cathéter laissé en place sauf S. aureus 
‐ 14 jours : BLC à S. aureus, après retrait du cathéter 
‐ 14 jours après négativation des hémocultures : BLC à Candida 
‐ 21 jours  : thrombophlébite septique 
Traitement probabiliste 
Cas général 
Infection grave 
Sepsis sévère ou colonisation connue à BGN* multi‐
résistant 

Vancomycine 
Vancomycine + pipéracilline‐tazobactam + gentamicine 
Vancomycine + imipénème + gentamicine 

Traitement après documentation microbiologique 
S. aureus méti‐S 
S. aureus méti‐R 
Staphylocoque à 
Cathéter retiré 
coagulase négative 
Cathéter conservé** 

Cloxacilline ou céfazoline  
Vancomycine  
Méti‐S : cloxacilline ou céfazoline  
Méti‐R : vancomycine 
Méti‐S : verrou de vancomycine + cloxacilline ou céfazoline  
Méti‐R : verrou de vancomycine + vancomycine  
Entérobactérie 
Cathéter retiré 
Céfotaxime si souche sensible, sinon pipéracilline‐
tazobactam ou céfépime selon sensibilité  
Cathéter conservé 
Verrou d’amikacine + [céfotaxime si souche sensible, sinon 
pipéracilline‐tazobactam ou céfépime selon sensibilité]  
P. aeruginosa 
1. Pipéracilline (si sensible) 
2. Ceftazidime  
Candida sp. 
Caspofungine*** 
* BGN : bacille GRAM négatif, ** hormis S. lugdunensis qui impose le retrait du cathéter, *** relais possible par 
fluconazole 400mg/j entre J5 et J7 si toutes les conditions suivantes sont réunies : souche sensible, apyrexie, 
hémocultures négatives. 
 

 

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9. Infections cutanées 
 
‐ Devant toute effraction cutanée, vérifier et si nécessaire mettre à jour la vaccination anti‐tétanique 
‐ Durées de traitement 
‐ 5 jours : prophylaxie après morsure 
‐ 7 jours : impétigo étendu, furonculose compliquée, érysipèle, staphylococcie maligne de la face 
 
Impétigo 

S. aureus, S. pyogenes 

Furoncle 

S. aureus 

Panaris 

S. aureus 

Erysipèle 

S. pyogenes 

Dermo‐hypodermite 
nécrosante 

Polymicrobienne* 

Cervico‐faciale ou 
membres ET absence de 
comorbidités** 
Cervico‐faciale ou 
membres ET 
comorbidités** 
Abdominale ou périnéale  

‐ Traitement local systématique :  
antiseptique X2/j 7 jours et/ou antibiotique topiques acide 
fusidique 2 à 3 fois par jour 
‐ Lésions très étendues : cloxacilline PO 
‐ Allergie : pristinamycine 
‐ Simple : antiseptique 
‐ Compliqué (anthrax, furonculose diffuse): cloxacilline PO 50 
mg/kg/ jour en 3 prises sans dépasser 3 à 4g 
‐ Allergie : pristinamycine 2 à 3g/jour 
‐ Bains antiseptiques + mise à plat chirurgicale 
‐ Pas d’antibiothérapie 
Amoxicilline 50 mg/kg/jour  
 Allergie : pristinamycine 
‐ Urgence médico‐chirurgicale : appel du dermatologue de 
garde (36053), qui coordonnera l’intervention du chirurgien et 
du réanimateur 
‐ En cas d’allergie vraie aux beta‐lactamines : avis 
infectiologique. 
Amoxicilline‐acide clavulanique IV + clindamycine 
Si sepsis grave ou choc septique : + amikacine  
Pipéracilline‐tazobactam + clindamycine 
Si sepsis grave ou choc septique : + amikacine 

Pipéracilline‐tazobactam  
Si sepsis grave ou choc septique : + amikacine  
Adaptation de l’antibiothérapie aux résultats des prélèvements per‐opératoires, en 
conservant toujours un antibiotique efficace sur les anaérobies. 
Staphylococcie 
S. aureus 
Cloxacilline IV +/‐ gentamicine  
maligne de la face 
Allergie : clindamycine +/‐ gentamicine  
Morsure 
Streptocoques,  
Si une antibiothérapie est indiquée*** 
S. aureus, anaérobies, 
Amoxicilline‐acide clavulanique  
Pasteurella multocida, 
Allergie : doxycycline  
Bartonella henselae  
 
Vérifier systématiquement le risque rabique. En cas de doute 
demander un avis au centre anti‐rabique**** 
* Epidémiologie bactérienne de la fasciite nécrosante selon le terrain : cervico‐faciale et des membres : S. pyogenes, 
streptocoques du groupe milleri, anaérobies de la flore bucco‐dentaire, S. aureus. Abdominale et périnéale : S. 
pyogenes, anaérobies de la flore digestive, entérobactéries. Patient toxicomane : S. aureus, S. pyogenes, anaérobies. 
** Comorbidités : diabète, immunosuppression, transplantation d’organe, échec d’une antibiothérapie préalable par 
beta‐lactamines, DHB nécrosante nosocomiale 

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*** Indications d’antibiothérapie après morsure (un critère suffit) : morsure étendue, proche des articulations, vue à > 
10h, chien/chat, immunodéprimé 
**** Centres anti‐rabiques en région parisienne : 
‐ Institut Pasteur, 209‐211 rue de Vaugirard, 75015 Paris. Tel : 01 45 68 80 88. Tous les matins du lundi au vendredi, et 
le samedi matin les mois impairs (janvier, mars, mai, juillet, septembre, novembre). Sans rendez‐vous. 
‐ Hôpital Bégin, 69 avenue de Paris, 94160 Saint‐Mandé. Tel : 01 43 98 48 20 (semaine) ou 01 43 98 54 09 (samedi 
matin). Tous les matins du lundi au vendredi, et le samedi matin les mois pairs (février, avril, juin, août, octobre, 
décembre). Sur rendez‐vous. 
 
 
 

 

26 
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10. Neutropénie fébrile sans point d’appel clinique 
 
Durée de traitement 
‐ 3 jours : si absence de documentation clinique et microbiologique ET absence de signe de gravité ET patient stable ET 
apyrexie depuis 48 heures 
‐ Avec surveillance de 48h en milieu hospitalier si persistance de l’agranulocytose (reprise immédiate de 
l’antibiothérapie si reprise de la fièvre) 
‐ 7 jours : si documentation microbiologique ET apyrexie > 4 jours ET éradication microbiologique ET résolution des 
signes cliniques d’infection 
 
Patient à faible risque  

Tous les critères suivants présents : 
 
‐Durée de neutropénie attendue ≤ 7 jours 
‐ Peu ou pas de comorbidités 
‐ Score MASC ≥ 21 
‐ Absence de sepsis sévère 
‐pas d’ATCD de BMR ou de voyage récent 

Patient à haut risque 

Au moins un critère parmi : 
‐ Neutropénie attendue longue (> 7 jours) et 
profonde (100 PNN) 
‐ Comorbidités significatives  

Ambulatoire et absence de traitement récent 
par fluoroquinolones :  
Amoxcilline‐acide clavulanique + 
ciprofloxacine 
 
Hospitalisation ou traitement récent par 
fluoroquinolones : céfotaxime* 
 
*sauf cancer digestif ou ORL : pipéracilline‐
tazobactam 
‐ Céfépime 2gx3/j (+ amikacine en cas de 
sepsis sévère) 
 
‐ Sepsis sévère et colonisation antérieure à 
BMR 
‐ S. aureus méti‐R : céfépime + vancomycine 

‐Score MASC ≤ 20 

‐ BLSE : imipénème 
Allergie vraie aux beta‐lactamines 
Suspicion d’infection sur cathéter veineux central  ou infection peau 
et tissus mous ou mucite stade IV 

Aztreonam + Vancomycine 
Ajouter vancomycine 

*Score MASC (Multinational Association for Supportive Care in Cancer scoring system): faible risque de complication en cas de score ≥21 
< 60 ans (=2), ambulatoire (=3), pas/peu de symptômes de neutropénie fébrile (=5), symptômes modérés de neutropénie fébrile (=3), pas d’hypoTA 
(>90mmHg) (=5), pas de déshydratation (=3), pas de BPCO (=4), pas d’infection fongique antérieure (=4) 

27 
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11. Endocardites 
 
‐ En cas de suspicion d’endocardite infectieuse ou d’endocardite confirmée dans le groupe hospitalier Henri Mondor, 
contacter SOS ENDOCARDITE au (01498)12287 
‐ Sauf exception, le traitement est administré par voie intraveineuse du début jusqu’à la fin. 
‐ Dans tous les cas, il est souhaitable de discuter des modalités de l’antibiothérapie avec l’infectiologue et/ou le 
microbiologiste. 

Antibiothérapie empirique dans l’attente d’une documentation : 
‐ Des hémocultures, 2 paires à l’admission (H0) sur une ponction, 1 paire à H1 et une paire à H12, devront être 
prélevées avant de débuter toute antibiothérapie. 
‐ Une antibiothérapie empirique, avant le résultat des hémocultures n’est indiquée qu’en cas de très forte suspicion 
d’endocardite. 
‐ Cette antibiothérapie initiale devra être adaptée secondairement à la documentation microbiologique : résultat des 
hémocultures ++++ 
‐ Si le diagnostic est confirmé et les hémocultures restent négatives, les modalités de l’antibiothérapie (molécules, 
posologies, durées) devront être décidées en réunion multidisciplinaire 

 
Pas de germe encore identifié sur valve native 
Cefazoline IV 2g en dose de charge sur 1 heure puis 6g/24h en IVSE (en 2 seringues de 3g) + amoxicilline IV 
200 mg/kg/j en 6 fois/j + gentamicine 3 mg/kg/24h en 1 fois/jour 
Pas de germe encore identifié sur valve prothétique 
délai < 1 an après intervention  
Vancomycine IV 20 mg/kg en dose de charge sur 1 heure puis 30mg/kg/24h en perfusion continue + 
gentamicine 3mg/kg/24h en 1 fois/jour  
délai > 1 an après intervention : 
Cefazoline IV 2g en dose de charge sur 1 heure puis 6g/24h en IVSE (en 2 seringues de 3g) + amoxicilline IV 
200 mg/kg/j en 6 fois/j + gentamicine 3 mg/kg/24h en 1 fois/jour. 
 
 
 
 
 
 
 

28 
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Traitement antibiotique : valve native (1) 
Germe 
Streptocoque sensible  

Traitement 

Durée 

amoxicilline IV 100 à 200 mg/kg/j en 6 
fois/j 

à la pénicilline  

Commentaire 

4 sem 

Si allergie :  

 

ceftriaxone* IV 2 g/24 h en 1 fois/j pendant 4 
sem 

(sans dépasser 12g/jour) 
 

(CMI ≤ 0.12 mg/l) 
Ou 

Ou  
2 sem 

amoxicilline IV 100 à 200 mg/kg/j en 6 
fois/j (sans dépasser 12g/jour) 

vancomycine*** IV 20 mg/kg en dose de 
charge sur 1 heure puis 30mg/kg/24h en 
perfusion continue pendant 4 sem 

+ gentamicine IV 3 mg/kg/j en 1 fois/j 
Streptocoque de 
sensibilité ↓ à la 
pénicilline  

amoxicilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j 
(sans dépasser 18g/jour) 

4 sem 

Si allergie :  

 

ceftriaxone* IV 2 g/24 h en 1 fois/j pendant 4 
sem 

+ gentamicine IV 3 mg/kg/j en 1 fois/j 
2 sem 

(CMI > 0.12 et ≤ 0.5 
mg/l) 

Ou 
vancomycine** IV 20 mg/kg en dose de charge 
sur 1 heure puis 30mg/kg/24h en perfusion 
continue pendant 4 sem 

 

Streptocoques avec 
CMI à la pénicilline > 
0,5 mg/l 

amoxicilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j 
(sans dépasser 18g/jour) 

4‐6 
sem*** 

+ gentamicine IV 3 mg/kg/j en 1 fois/j 

 

Si souche sensible préférer ceftriaxone IV 2 
g/24 h en 1 fois/j + gentamicine IV 3 mg/kg/j en 
1 fois/j  

Abiotrophia defectiva 

 

Granulicatella sp. 

Si allergie : vancomycine** IV 20 mg/kg en dose 
de charge sur 1 heure puis 30mg/kg/24h en 
perfusion continue pendant 4‐6 sem  

 
Entérocoques 

amoxicilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j 
(sans dépasser 18g/jour) 

4‐6 
sem*** 

6 semaines recommandées si durée symptômes 
> 3 mois 

+ gentamicine IV 3 mg/kg/j en 3 fois/j 

 

Ou 

2 sem 

amoxicilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j 
(sans dépasser 18g/jour) 

 

Si allergie : vancomycine** IV 20 mg/kg en dose 
de charge sur 1 heure puis 30mg/kg/24h en 
perfusion continue + gentamicine IV 3 mg/kg/j 
en 3 fois/j pendant 6 semaines 

 
+ ceftriaxone**** IV 2 g/12 h  
6 sem 

* en l’absence d’allergie immédiate ou de signes de gravité (œdème de Quincke) ; **objectif de concentration plateau de 
vancomycine entre 30 et 35 mg/L ; ***à discuter cas par cas (avis infectiologique) ; **** régime à préférer pour les souches 
d’Entérocoques de haut niveau de résistance à la gentamicine ou si clairance de la créatinine <50mL/min 

 
 
29 
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Traitement antibiotique : valve native (2) 
Germe 
Staphylocoques sensibles 
à la méticilline 

Traitement 

Durée 

cloxacilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j 
(sans dépasser 12g/jour) 

4‐6 
sem* 

 

 

Commentaire 
Si allergie : 
céfazoline** 6 g/j en 3 fois/j pendant 4‐6 sem  
Ou  
vancomycine*** IV 20 mg/kg en dose de 
charge sur 1 heure puis 30mg/kg/24h en 
perfusion continue pendant pendant 4‐6 sem 

Endocardite 
tricuspidienne 
Staphylocoques sensibles 
à la méticilline 

cloxacilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j 
(sans dépasser 12g/jour) 

2‐4 
sem* 

2 sem si forme non compliquée 
4 sem si compliquée (abcès pulmonaire)  

 
Relais oral possible ofloxacine 400 mgx2/j +  
rifampicine 1200 mg/j en 2 fois/j, durée totale 
de 4 sem 

Staphylocoques résistants  vancomycine*** IV 20 mg/kg en dose 
à la méticilline 
de charge sur 1 heure puis 
30mg/kg/24h en perfusion continue 
 

4‐6 
sem* 

Bactéries du groupe 
HACEK 

4 sem 

ceftriaxone IV 2 g/24 h en 1 fois/j  

daptomycine****  10mg/kg/jour en 1 fois/jour 

 
 

 
*  à discuter cas par cas (avis infectiologique) ; ** en l’absence d’allergie immédiate ou de signes de gravité (œdème de Quincke) ; 
***objectif de concentration plateau de vancomycine entre 30 et 35 mg/L ; **** à préférer si CMI vancomycine > 1.5mg/L 

 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

30 
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Traitement antibiotique : prothèse valvulaire 
Germe 

Traitement 

Durée* 

Streptocoque sensible à 
la pénicilline (CMI < 0.12 
mg/l) 

amoxicilline IV 100 à 200 mg/kg/j en 6 fois/j 
(sans dépasser 12g/jour) 

6 sem 
 

+ gentamicine IV 3 mg/kg/j en 1 fois/j 
2 sem 
 
Streptocoque de 
sensibilité diminuée à la 
pénicilline (CMI > 0.12 
mg/l) 

amoxicilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j (sans 
dépasser 18g/jour) 

Entérocoques  

amoxicilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j (sans 
dépasser 18g/jour) 

6 sem 
 

+ gentamicine IV 3 mg/kg/j en 1 fois/j 
2 sem 
≥6 sem 
 
+ gentamicine IV 3 mg/kg/j en 3 fois/j 
 
Ou 

Commentaire 
Si allergie : ceftriaxone** IV 2 g/24 h en 1 
fois/j pendant 6 sem Ou vancomycine*** 
IV 20 mg/kg en dose de charge sur 1 
heure puis 30mg/kg/24h en perfusion 
continue pendant 6 sem 
Si allergie : ceftriaxone** IV 2 g/24 h en 1 
fois/j pendant 6 sem Ou vancomycine*** 
IV 20 mg/kg en dose de charge sur 1 
heure puis 30mg/kg/24h en perfusion 
continue pendant 6 sem 
Si allergie : vancomycine*** IV 20 mg/kg 
en dose de charge sur 1 heure puis 
30mg/kg/24h en perfusion continue + 
gentamicine IV 3 mg/kg/j en 3 fois/j 
pendant 4‐6 sem 

 
amoxicilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j (sans 
dépasser 18g/jour) + ceftriaxone**** IV 2 
g/12 h 
Staphylocoques sensibles  Oxacilline IV 200 mg/kg/j en 6 fois/j 
à la méticilline 
+ Gentamicine IV 3 mg/kg/j en 1 fois/j 

Staphylocoques 
résistants à la méticilline 

Bactéries du groupe 
HACEK 

≥6 sem 
 
≥ 6 sem 
2 sem 

+ rifampicine IV/PO 1200 mg/j en 2 fois/j (à 
débuter après 5 à 7 jours d’antibiothérapie 
efficace)  

≥ 6 sem 

Vancomycine IV 30 mg/kg/j en 2 fois/j  

≥ 6 sem 

+ Gentamicine IV 3 mg/kg/j en 1 fois/j 

2 sem 

+ rifampicine IV/PO 1200 mg/j en 2 fois/j (à 
débuter après 5 à 7 jours d’antibiothérapie 
efficace) 

≥ 6 sem 

Ceftriaxone IV 2 g/24 h en 1 fois/j  

6 sem 

Si allergie : céfazoline** 6 g/j en 3 fois/j 
pendant 6 sem + gentamicine IV 3 mg/kg/j 
en 1 fois/j pendant 2 sem + rifampicine 
pendant 6 sem 
Ou vancomycine IV 30 mg/kg/j en 2 fois/j 
pendant 6 sem + gentamicine IV 3 mg/kg/j 
en 1 fois/j pendant 2 sem + rifampicine 
pendant 6 sem 
 

 

*  à discuter cas par cas (avis infectiologique) ; ** en l’absence d’allergie immédiate ou de signes de gravité (œdème de Quincke) ; 
***objectif de concentration plateau de vancomycine entre 30 et 35 mg/L ; **** régime à préférer pour les souches 
d’Entérocoques de haut niveau de résistance à la gentamicine ou si clairance de la créatinine < 50mL/min 
 
 

31 
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12. Arthrites septiques (à l’exclusion des infections sur prothèse) 
 
Durée de traitement 
‐ 7 jours : arthrite septique à gonocoque 
‐ 3 ‐ 4 semaines : arthrite septique aiguë 
‐ 6 semaines : spondylodiscite aiguë 
‐ Dans tous les cas prélever le liquide articulaire avant l’initiation de traitement (sous échographie si techniquement 
difficile) 
‐ Prévenir le chirurgien orthopédiste pour discuter un lavage articulaire 
‐ Eviter l’administration initiale de rifampicine et de fluoroquinolones 
‐ Traitement intraveineux initial à forte dose 
‐ Si spondylodiscite : ponction disco‐vertébral avant tout traitement (3 biopsies étagées) + hémocultures 
systématiques après le geste 
Communautaire 
absence de 
comorbidité +/‐ plaie 
cutanée 
Communautaire et 
comorbidités 
Morsure 
Contexte d’IST 

S. aureus, streptocoques 

‐ Céfazoline  
Si allergie : Clindamycine + gentamicine   

Idem + entérobactéries 

‐ Céfotaxime + gentamicine 
Si allergie : Levofloxacine + gentamicine  
‐ Amoxicilline‐acide clavulanique + gentamicine 

S. aureus, streptocoques, 
Pasteurella, anaérobies 
Gonocoque 

‐ Céfotaxime 

 

13. Infections opportunistes chez le patient infecté par le VIH 
 
Appel systématique de l’infectiologue 
Pneumocystose pulmonaire 

Toxoplasmose cérébrale 

Cryptococcose 

Bactrim 4 ampoulesX3/jour IV ou Bactrim forte 2 cp X3/jour 21 jours 
 
Si pO2 < 70 mmHg : prednisone per os 
J1‐J5 : 40 mgX2/j, J6‐J10 : 40 mg/j, J11‐J21 : 20 mg/j 
Sulfadiazine 4‐6g/jour 
+ pyriméthamine 100 mg J1 puis 50 à 75mg/jour 
+ acide folinique 25 mg/jour + alcalinisation par eau de Vichy 
6 semaines 
* Mesurer pression d’ouverture du LCR : ponction lombaire évacuatrice si > 25 
cm d’eau 
 
Amphotéricine B liposomale 3 mg/kg/jour 
+ flucytosine 25 mg/kg X4/jour 
8 semaines 

 

32 
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14. Liste des maladies infectieuses à déclaration obligatoire 
 
Un dossier spécifique sur les MDO est accessible sur le site de l’InVS : http://invs.santepubliquefrance.fr/Espace‐
professionnels/Maladies‐a‐declaration‐obligatoire/Liste‐des‐maladies‐a‐declaration‐obligatoire  
Maladie à déclaration 
obligatoire 

Catégorie 1 ‐ Maladie 
nécessitant une 
intervention urgente 
locale, nationale ou 
internationale 

Botulisme 

oui 

Catégorie 2 ‐ Maladie 
Fiche de 
dont la surveillance est  notification 
nécessaire à la conduite 
et à l'évaluation de la 
politique de santé 
publique 
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Disponible sur 
demande à l'ARS 
de votre lieu 
d'exercice 
oui 
Jusqu'à fin 2015 : 
disponible sur 
demande à l'ARS 
de votre lieu 
d'exercice 
A partir de fin 
2015 : déclaration 
en ligne depuis : 
www.e‐do.fr 
oui 
Fiche de 
notification
 

Brucellose 

oui 

 

Charbon 

oui 

 

Chikungunya 

oui 

 

Choléra 

oui 

 

Dengue 

oui 

Diphtérie 

oui 

Fièvres hémorragiques 
africaines 
Fièvre jaune 

oui 

 

 

Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
 Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
‐‐‐ 

 

 

 

 

 

 

 

 

oui 

 

Fièvre typhoïde et fièvres 
paratyphoïdes 
Hépatite aiguë A 

Dossier 
thématique 

oui 

 

oui 

 

Infection aiguë 
symptomatique par le virus 
de l'hépatite B 

non 

Infection par le VIH quel 
qu'en soit le stade 

non 

Infection invasive à 
méningocoque 
 

oui 

 

Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique

 

 

 

 

Dossier 
thématique

 

Dossier 
thématique

 

33 
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Maladie à déclaration 
obligatoire 

Catégorie 1 ‐ Maladie 
nécessitant une 
intervention urgente 
locale, nationale ou 
internationale 

Légionellose 

oui 

Catégorie 2 ‐ Maladie 
Fiche de 
dont la surveillance est  notification 
nécessaire à la conduite 
et à l'évaluation de la 
politique de santé 
publique 
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification
oui 
Fiche de 
notification

Dossier 
thématique 

Fiche de 
notification
Fiche de 
notification
Fiche de 
notification
Fiche de 
notification
Fiche de 
notification
Fiche de 
notification

Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique

Fiche de 
notification
Fiche de 
notification
Fiche de 
notification

Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
Dossier 
thématique

Fiche de 
notification
Fiche de 
notification
Fiche de 
notification

Dossier 
thématique
‐‐‐ 

 

Listériose 

oui 

Orthopoxviroses dont la 
variole 
Paludisme autochtone 

oui 

 

 

oui 

oui 

Poliomyélite 

oui 

oui 

oui 

Rage 

oui 

oui 

 

 

 

 

oui 

oui 

 

Schistosomiase (bilharziose)  oui 
urogénitale autochtone, 
Suspicion de maladie de 
oui 
Creutzfeldt‐Jakob et autres 
encéphalopathies subaiguës 
spongiformes transmissibles 
humaines 
Tétanos 
non 

oui 

 

oui 

 

oui 

 

Toxi‐infection alimentaire 
collective 
Tuberculose (incluant la 
surveillance des résultats 
issus de traitement) 
Tularémie 

oui 

oui 

 

oui 

oui 

 

oui 

oui 

 

Typhus exanthématique 

 

 

 

oui 

Paludisme d'importation  
dans les départements 
d'outre‐mer 
Peste 

Rougeole 

Dossier 
thématique
Dossier 
thématique
‐‐‐‐ 

oui 

oui 

Dossier 
thématique
Dossier 
thématique

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Zika 

oui 

oui 

 

Dossier 
thématique

 

 

34 
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15. Connaissances de bases en Bactériologie permettant l’interprétation des résultats 
 

a. Epidémiologie bactérienne et résistance aux antibiotiques 
 

1. Epidémiologie des bactériémies 
Les  bactériémies  sont  le  reflet  des  infections  les  plus  graves  nécessitant  la  mise  en  œuvre  d’une 
antibiothérapie rapidement adaptée pour améliorer le pronostic (sur ce sujet, voir : Adrie C et al J Infect. 
2017  Feb;74(2):131‐141.  et  Valles  J  et  al.  Chest.  2003  May;123(5):1615‐24.).  La  connaissance  de 
l’épidémiologie  des  bactéries  responsables  est  primordiale  en  infectiologie  (distribution  des  espèces 
bactériennes impliquées, fréquence des résistances acquises)  
Cependant,  les  données  présentées  ici  sont  le  reflet  des  bactéries  isolées  des  hémocultures.  Une  partie 
résulte de contaminations lors des prélèvements par une mauvaise antisepsie cutanée ou une colonisation 
des  cathéters,  particulièrement  pour  ce  qui  concerne  les  Staphylocoques  à  coagulase  négative.  Un  effort 
constant est nécessaire pour réduire les contaminations d’hémocultures. 
Graphique :  Bactéries  des  hémocultures  prélevées  dans  les  hôpitaux  Henri‐Mondor  et  Albert  Chenevier  en 
2015. 

ENTEROBACTER 

 
Graphique : Bactéries des hémocultures prélevées aux Urgences d’Henri‐Mondor en 2015. 

ENTEROBACTER 

 
35 
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2. Epidémiologie des ECBU 
Les infections urinaires sont les infections bactériennes les plus fréquemment diagnostiquées à l’hôpital et 
constituent  la  première  cause  d’infection  nosocomiale  (29.9%  des  infections  lors  de  la  dernière  enquête 
nationale de prévalence en 2012).  
Les  données  présentées  ici  sont  le  reflet  des  bactéries  isolées  des  ECBU  de  patients  présentant  des 
arguments  biologiques  ou  cliniques  d’infection  (leucocyturie,  fièvre,  signes  fonctionnels  urinaires).  Une 
partie peut néanmoins correspondre à une colonisation urinaire notamment chez les patients porteurs de 
sonde urinaire.  
Graphique : Bactéries des ECBU prélevés dans les hôpitaux Henri‐Mondor et Albert Chenevier en 2015. 

P. AERUGINOSA 

ENTEROBACTER 

CITROBACTER 

 
Graphique : Bactéries des ECBU prélevées aux Urgences d’Henri‐Mondor en 2015. 

P. AERUGINOSA 

ENTEROBACTER  CITROBACTER 

 

36 
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3. Epidémiologie des Pneumonies acquises sous ventilation mécanique 
Les pneumonies nosocomiales constituent la deuxième cause d’infection nosocomiale (16.7% des infections 
lors de la dernière enquête nationale de prévalence en 2012). Parmi celles‐ci, les infections acquises sous 
ventilation  mécanique  présentent  une  morbi‐mortalité  importante  et  une  antibiothérapie  rapidement 
adaptée améliore significativement leur pronostic.  
Les données présentées ici sont le reflet des bactéries isolées des Prélèvements Distaux Protégés (PDP) de 
l’ensemble  des  Réanimations  de  l’Hôpital  Henri‐Mondor  en  2015.  Les  critères  qui  ont  déclenché  la 
réalisation d’un antibiogramme sont un taux de bactérie ≥ 103 UFC/ml de prélèvement ou ≥ 102 UFC/ml en 
cas  d’antibiothérapie  concomitante  et  de  signes  cliniques  et/ou  radiologiques  d’infection.  Une  partie  des 
données peut néanmoins  correspondre à une colonisation pulmonaire. L’épidémiologie globale peut  être 
affectée par un ou plusieurs phénomènes épidémiques.  
Graphique : Bactéries des PDP prélevés dans les Réanimations de l’hôpital Henri‐Mondor en 2015. 

P. AERUGINOSA 

ENTEROBACTER 

H.INFLUENZAE 

S.MALTOPHILIA 

CITROBACTER 

 

 
4. Principales données de résistance bactérienne aux antibiotiques par groupe bactérien 
La proportion de souches présentant une résistance acquise au sein d’une espèce est variable en fonction 
de l’origine de l’infection (communautaire, associée aux soins ou nosocomiale) car la pression exercée par 
les  antibiothérapies  antérieures  et  le  risque  d’acquisition  d’une  souche  bactérienne  résistante  par 
transmission  croisée  au  cours  d’hospitalisation  augmentent  le  risque  d’infection  par  des  bactéries 
résistantes.  L’épidémiologie  de  la  résistance  est  donc  variable  en  fonction  du  recrutement  de  chaque 
service, des antécédents d’antibiothérapies et de la durée de séjour avant l’infection. Lors du choix d’une 
antibiothérapie probabiliste, il faudra tenir compte : 


Des  données  nationales  ou  européennes  qui  suivent  l’évolution  de  la  résistance  bactérienne  des 
principaux  pathogènes.  Elles  sont  accessibles  sous  forme  de  rapports  annuels  ou  de  cartes 
géographiques sur le site de l’ European Antimicrobial Resistance Surveillance Network (EARS‐Net) : 
http://ecdc.europa.eu/en/healthtopics/antimicrobial‐resistance‐and‐
consumption/antimicrobial_resistance/EARS‐Net/Pages/EARS‐Net.aspx  

37 
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Des données stratifiées des Hôpitaux Universitaires Henri‐Mondor qui sont produits annuellement 
par l’unité de Bactériologie et stratifiées par services de soins. Ces données sont accessibles via le 
site http://www.consores.net/ . 
 

a. Entérobactéries 
 
i. Résistances naturelles et acquises :  
 
 Résistances  aux  beta‐lactamines :  elles  résultent  principalement  de  la  production  d’enzymes 
inactivatrices, les beta‐lactamases. Celles‐ci peuvent être naturelles (produites par tous les isolats 
d’une même espèce, constituant le phénotype sauvage) ou acquises (via des éléments génétiques 
mobiles : plasmides, transposons, intégrons). 
 
Profils de résistance conférés par les principaux mécanismes de résistance aux bêta‐lactamines chez les 
entérobactéries 
Phénotypes 

Sensible 

Pénicillinase 

Pénicillinase 

Pénicillinase 

Céphalosporinase 

Céphalosporinase 

BLSE 

naturelle 

acquise 

TRI ou OXA 

AmpC 

hyperproduite ou 

P.mirabilis 

K.pneumoniae 

P.mirabilis  

E.coli 

Enterobacter sp. 

Enterobacter sp. 

E. coli 

E. coli 

E. coli 

C.koseri 

E. coli 

C.freundii 

C.freundii 

K.pneumoniae 

K.pneumoniae 

K.pneumoniae 

M.morgannii 

M.morgannii 

S.marcescens 

E.coli, K.pneumoniae 

(hors OXA‐48 

plasmidique 
Exemples 

Amoxicilline 

Carbapénémase 

isolée) 





















S/I/R 













I/R 



















I/R 



S/I 

S/I/R 



C1G 





I/R 











Céfoxitine 









S/I/R 

S/I/R 

S/I/R 



C3G 













S/I/R 

S/I/R 

Céfépime 







S/I 





S/I/R 

S/I/R 

Ertapénème 











S/I 

S/I 



Imipénème 















I/R 

Amoxicilline 
+ Acide 
Clavulanique 
Pipéracilline 
Pipéracilline 

Tazobactam 

 

38 
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Résistance  aux  fluoroquinolones :  Le  mécanisme  principal  de  résistances  résulte  de  mutation  des 
cibles  des  fluoroquinolones  (ADN  gyrase  et  topoisomérase  IV).  L’acquisition  séquentielle  de 
plusieurs  mutations  provoque  une  augmentation  de  la  résistance  de  la  souche  par  palliers  aux 
différentes  quinolones  /  fluoroquinolones  d’activité  intrinsèque  différentes.  Cette  acquisition  de 
résistance  est  favorisée  par  la  mise  en  œuvre  d’autres  mécanismes  de  résistance  de  bas  niveau : 
pompe  d’efflux  actif,  perte  de  porines,  système  de  protection  des  cibles  par  acquisition  de  gène 
plasminique de type qnr, enzyme de modification des cibles AAC(6’)‐Ib‐cr, ... 

 
Profils de résistance conférés par les principaux mécanismes de résistance aux fluoroquinolones chez les 
entérobactéries 
CMI 
(mg/L) 
 
E. coli 
P. aeruginosa 
Catégorie 
 
Acide 
Ofloxacine 
Ciprofloxacine 
Ciprofloxacine 
Nalidixique 
Sauvage 
2‐4 
0.03‐0.06 
0.01 
0.06‐0.12 
Bas Niveau  
8‐16  I/R 
0.25‐0.5 
0.1‐0.25 
0.25‐0.5 
(qnr ou efflux) 
Une mutation de cible 
≥ 128 
1‐2  I/R 
0.5‐1 
1‐2  I/R 
Deux  mutations  de 
≥ 128 
8‐16 
1‐4  I/R 
8‐16 
cible 
Trois  mutations  de 
≥ 128 
≥ 64 
≥ 8 
≥ 64 
cible 
ou 
Deux 
mutations + Efflux 
 
Il est recommandé de ne pas utiliser les Fluoroquinolones catégorisées « S » en monothérapie ou à faible 
dose dès qu’un bas niveau de résistance a été détecté car le risque de sélection de mutants résistants sous 
traitement est élevé.  
ii. Données de résistance locales (Hémocultures 2015) 
Profils  de  résistance  observés  à  l’hôpital  Henri  Mondor  à  partir  des  souches  d’entérobactéries  isolées 
d’hémocultures en 2015 
% de Sensibilité 
E. coli 
K. pneumoniae 
E. cloacae 
Amoxicilline 
30 


Amoxicilline + Acide 
42 
49 

Clavulanique  
Pipéracilline + 
89 
61 
69 
Tazobactam  
Céfoxitine 
93 
83 * 

Céfotaxime 
84 
63 
45 * 
Céfépime 
85 
64 
65 
Imipénème 
100 
96 
96 
Gentamicine 
90 
71 
69 
Amikacine 
98 
96 
96 
Ciprofloxacine 
76 
57 
69 
Cotrimoxazole  
61 
60 
69 
* Risque de sélection de mutants résistants sous traitement en monothérapie. 
39 
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b. P. aeruginosa 
 
i. Résistances naturelles et acquises 
 
Le bacille pyocyanique (P. aeruginosa) est un bacille à Gram négatif de l’environnement naturellement peu 
sensible aux antibiotiques.  
 Résistances  aux  beta‐lactamines :  Elles  résultent  de  l’association  d’une  beta‐lactamase  de  type 
céphalosporinase  AmpC  qui  peut  être  hyperproduite  par  certaines  souches,  de  l’acquisition  de 
beta‐lactamases  plasmidiques  de  type  pénicillinase  ou  oxacillinase,    de  mutation  de  porine  D2 
conférant  une  résistance  spécifique  à  l’imipénème,  de  plusieurs  systèmes  d’efflux  actifs, 
d’acquisition  de  beta‐lactamases  de  type  carbapénémases  hydrolysant  l’ensemble  des 
carbapénèmes est possible. Il en résulte des phénotypes de résistance complexes. 
 
 Résistances  aux  fluoroquinolones :  Les  pompes  d’efflux  sont  particulièrement  actives  chez  
P.  aeruginosa  provoquant  des  bas  niveaux  de  résistance  à  la  Ciprofloxacine.  Généralement,  cette 
résistance  est  associée  à  une  résistance  au  céfépime,  éventuellement  à  la  ticarcilline  ou  aux 
aminosides. Le risque de sélection de mutants résistants sous traitement est élevé (cf. ci‐dessus). 
 
ii. Données de résistance locale (2015) 
 
Profils de résistance observés à l’hôpital Henri Mondor à partir des souches de P. aeruginosa isolées 
d’hémocultures en 2015 

TAZOCILLINE * 



 
 
c. Staphylococcus spp. 
 
i. Résistances naturelles et acquises 
 
Résistances aux beta‐lactamines : elle résulte de 2 mécanismes  
o Pour l’espèce S. aureus, plus de 80% des souches produisent une beta‐lactamase de type 
pénicillinase qui hydrolyse les pénicillines à l’exception de l’oxacilline et de la cloxacilline. 
Elle  est  inhibée  par  l’acide  clavulanique  contenu  dans  l’association  amoxicilline  +  ac 
clavulanique.  Cette  pénicillinase  est  difficile  à  détecter  au  laboratoire  et  la  sensibilité  à 
l’amoxicilline ne peut être évaluée de façon fiable en pratique courante.  
40 

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Tous les Staphylocoques sont capables d’acquérir un gène mecA permettant la production 
d’une PLP2a insensible aux beta‐lactamines. La résistance est croisée à toute la classe des 
béta‐lactamines  sauf  pour  de  nouvelles  céphalosporines  comme  la  Ceftaroline  ou  le 
Ceftobiprole.  
 
Résistances aux macrolides et apparentés : 
o



Phénotype 
Sauvage 

MLSB 
inductible 
MLSB 
constitutif 

Mécanisme 
Erythromycine  Azithromycine  Spiramycine  Clindamycine  Pristinamycine 
Aucun 





Efflux 





Modification  de 


I * 
I * 

cible 
Modification  de 




I ++ 
cible 

* : Risque de sélection de mutants résistants 
++
 : Perte de bactéricidie 

 
ii. Données de résistance locales (2015) 
 
Profils  de  résistance  observés  à  l’hôpital  Henri  Mondor  à  partir  de  souches  de  Staphylococcus  aureus 
isolées d’hémocultures en 2015 

CLINDAMYCINE 

BACTRIM * 

MUPIROCINE 

 
 

41 
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Profils  de  résistance  observés  à  l’hôpital  Henri  Mondor  à  partir  de  souches  de  Staphylocoques  à 
coagulase négative (SCN) isolées d’hémocultures en 2015 

CLINDAMYCINE 

BACTRIM * 

MUPIROCINE 

 
 

b. Savoir lire un antibiogramme 
 
Depuis  janvier  2017,  l’unité  de  Bactériologie‐Hygiène  des  Hôpitaux  Universitaires  Henri‐Mondor 
applique  les  recommandations  2016  du  Comité  de  l’Antibiogramme  de  la  Société  Française  de 
Microbiologie. Ces nouvelles recommandations résultent de l’harmonisation européenne menée par 
l’EUCAST (European Comittee on Antimicrobial Susceptibility Testing). 
Cette modification de pratiques des antibiogrammes a eu plusieurs conséquences : 
1. La liste des antibiotiques testés a évolué. 
2. Les  modifications  techniques  permettent  une  meilleure  détection  des  phénotypes  de 
résistance de bas niveau ce qui risque de modifier l’épidémiologie de la résistance locale.  
3. Pour  mémoire,  la  réalisation  d’un  antibiogramme  consiste  à  évaluer  simultanément  les 
Concentrations  Minimales  Inhibitrices  (CMI)  de  plusieurs  antibiotiques  pour  une  bactérie 
présumée  pathogène.  Ces  CMI  sont  ensuite  comparées  à  des  concentrations  critiques 
permettant de classer la bactérie en catégorie « sensible », « intermédiaire » et « résistant » 
en  fonction  de  la  probabilité  de  succès  thérapeutique.  Les  concentrations  critiques 
définissant les seuils de sensibilité et de résistance ont été révisées sur la base de données : 
a. Épidémiologiques : séparation des souches sauvages et des souches présentant une 
résistance acquise (site web : http://mic.eucast.org/Eucast2/ ) ; 
b. Cliniques : revue des publications mesurant l’efficacité en fonction de la CMI pour un 
couple bactérie/antibiotique ; 
c. Pharmacocinétiques et pharmacodynamiques (Mouton JW et al. Clin Microbiol Infect 
2012; 18: E37–E45). 

42 
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4. La signification de la catégorie « intermédiaire » a été révisée : 
a. Un  microorganisme  est  classé  « I »  pour  l’antibiotique  considéré  si  son  activité  est 
modérée rendant le succès thérapeutique incertain par l’analyse de critères pK/pD. 
L’acquisition de résistances fait passer le microorganisme en catégorie « R ». On peut 
citer  comme  exemples  les  couples  Pseudomonas  spp.  /  Aztréonam,  Enterococcus 
spp. / Cotrimoxazole (Bactrim®) ou Haemophilus spp. / Macrolides. 
b. Une  infection  due  à  un  isolat  classé  « I »  peut  être  traitée  de  manière  appropriée 
lorsqu'une  forte  dose  de  l'antibiotique  peut  être  utilisée  ou  lorsqu’il  est 
physiologiquement  concentré au site  d'infection. Les posologies élevées  conseillées 
par l’EUCAST figurent dans le tableau ci‐dessous. Elles sont à adapter aux fonctions 
rénales et/ou hépatiques du patient à traiter. 
c. Il persiste des incertitudes de mesures liées aux techniques utilisées pour déterminer 
la sensibilité des bactéries. En pratique, l’antibiogramme standard est la méthode de 
diffusion  en  gélose  qui  fournit  une  évaluation  des  CMI  par  la  mesure  de  diamètre 
d’inhibition  autour  d’un  disque  imprégné  d’antibiotique.  Il  permet  une  évaluation 
simultanée d’un grand nombre d’antibiotiques. Le bactériologiste pourra réaliser une 
détermination  précise  de  la  CMI  si  un  traitement  par  un  antibiotique  classé  « I »  à 
l’antibiogramme  est  envisagé.  Cette  détermination  est  généralement  précise  à  +/‐ 
une dilution et la CMI sera rendue en mg/L. 
 

c. Apports et limites des tests rapides disponibles dans le service de 
Bactériologie des HU Henri‐Mondor 
 
La mise à disposition de tests rapides n’a de sens que si elle modifie substantiellement la prise en 
charge  thérapeutique  des  patients.  Ce  n’est  qu’à  cette  condition  qu’ils  seront  réalisés  en  tenant 
compte  des  avantages  et  limites  de  chacun  des  tests,  et  souvent  après  discussion  clinico‐
biologique. 

d. Les antigènes urinaires Légionelles et Pneumocoques 
 
Diagnostic de Légionellose pulmonaire : 





La culture de Legionella sp. est lente, difficile et requiert des méthodes particulières.  
La détection de l’antigène lipo‐polysaccharidique spécifique de L. pneumophila sérogroupe 1 
dans l’urine du patient par le test ICT Binax utilisé à Henri Mondor présente une sensibilité 
diagnostique de 90 % (IC95%: 79–100) et une spécificité diagnostique de 99% (IC95%: 98,0–
99,7) selon une méta‐analyse (Shimada T et al. Chest. 2009 Dec;136(6):1576‐1585.). 
Le  test  reste  négatif  lorsque  la  légionellose  est  due  à  un  autre  sérogroupe  ou  à  une  autre 
espèce de Legionella spp., rendant indispensable la réalisation d’une culture en cas de forte 
suspicion clinique et d’antigénurie négative.  

43 
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L’excrétion  après  guérison  d’une  pneumonie  à  L.  pneumophila  sérogroupe  1  est  évaluée  à 
43% des cas à 6 semaines, l’excrétion pouvant se prolonger jusqu’à 327 jours (Kohler RB et 
al. J Clin Microbiol. 1984 Oct;20(4):605‐7.). 

Diagnostic de pneumonie ou méningite à Pneumocoque : 







Streptococcus pneumoniae (pneumocoque) est l’agent pathogène le plus fréquemment isolé 
lors des pneumonies aigues communautaires (Mise au point AFSSAPS‐SPILF, juillet 2010).  
Le test de détection de l’antigène polysaccharidique du Pneumocoque dans l’urine par le test 
ICT Binax utilisé à Henri Mondor présente une sensibilité diagnostique de 75 % [IC95%: 71‐
79] et une spécificité diagnostique de 95% [IC95%: 92‐98] selon une méta‐analyse récente 
incluant 10 études soit 2315 patients (Horita N. et al. Respirology. 2013 Nov;18(8):1177‐83). 
Ce  test  rapide  est  fréquemment  négatif  en  l’absence  de  bactériémie,  expliquant  la 
sensibilité  médiocre  chez  les  patients  ambulatoires  ou  hospitalisés  hors  des  services  de 
Réanimation ou de Soins intensifs.  
La positivité du test chez les patients présentant une bronchite chronique obstructive a été 
évaluée à 4% (Murdoch DR et al. Clin Infect Dis. 2003 Jul 1;37(1):153‐4.). Dans cette même 
étude, la positivité du test après guérison d’une pneumonie à Pneumocoque était évaluée à 
48% à 6 semaines, l’excrétion pouvant se prolonger jusqu’à 90 jours. 
 

e. Le β‐LACTA Test® 







 
Le  β‐LACTA‐test  ®  est  un  test  colorimétrique  qualitatif  utilisé  pour  la  détection  de  souches 
d’Entérobactéries de sensibilité diminuée aux céphalosporines de troisième génération.  
Il  détecte  la  présence  d'enzymes  spécifiques  au  sein  de  la  bactérie  responsables  de  la 
résistance avec une sensibilité évaluée à 80,2% et une spécificité de 97,9% selon une étude 
multicentrique française (Renvoisé A. et al. J. Clin. Microbiol. 2013, 12: 4012‐4017). 
La  sensibilité  décevante  est  presque  exclusivement  due  à  la  mauvaise  détection  des 
hyperproductions de céphalosporinase de type AmpC : un résultat négatif indique une forte 
probabilité  de  sensibilité  au  céfépime.  Un  résultat  positif  contre‐indique  l’utilisation  d’une 
céphalosporine.  
A Henri‐Mondor, il est uniquement réalisé sur des colonies bactériennes isolées ainsi que sur 
les cultures précoces d’hémoculture à BGN oxydase négative (entérobactéries). 
 

f. La détection de la résistance à la Méticilline chez les Staphylocoques 
 
Elle peut être réalisée de deux façons par le service de Bactériologie d’Henri‐Mondor :  


Un test immuno‐chromatographique qualitatif rapide pour la détection de la protéine 2a de 
liaison  à  la  pénicilline  2a  (PLP2a)  directement  à  partir  d’isolats  de  culture  de  S.  aureus.  Sa 
sensibilité est de 99.1% et sa spécificité de 99.0% mais il nécessite d’attendre d’obtenir des 
colonies isolées. La sensibilité est beaucoup plus basse pour les Staphylocoques à coagulase 
négative et son utilisation n’est pas recommandée. 
44 

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Un test de PCR multiplex en temps réel automatisé réalisable à partir de culture en flacon 
d’hémoculture ou de prélèvements liquides présentant des cocci à gram positif en amas à 
l’examen direct. Ce test détecte simultanément la présence du gène mecA responsable de la 
résistance,  un  gène  spécifique  de  S.  aureus  (Protéine  A)  et  la  cassette  chromosomique 
SCCmec  qui  porte  le  gène  mecA  chez  S.  aureus.  Pour  la  présence  de  S.  aureus  dans  les 
hémocultures,  le  test  présente  une  valeur  prédictive  positive  de  96,7  %  et  une  valeur 
prédictive  négative  de  100  %.  Pour  la  présence  de  SARM,  le  test  présente  une  valeur 
prédictive positive de 96,6 % et une valeur prédictive négative de 99,7 %. 

g. La PCR‐séquençage « 16S » 










 
Le gène rrs qui code la sous‐unité 16S de l’ARN ribosomal (ARNr) est utilisé pour la détection 
de  génome  bactérien  dans  les  prélèvements  en  raison  de  sa  structure  très  conservée  dans 
toutes les bactéries.  
La  séquence  de  ce  gène  obtenue  après  PCR  permet  une  identification  fiable  du  pathogène 
bactérien en cause. Mais cela suppose que l’infection soit monomicrobienne car il n’est pas 
possible d’interpréter un mélange de séquences.  
La sensibilité de cette PCR dépend de la qualité de l’extraction d’ADN bactérien à partir du 
prélèvement  et  du  nombre  de  copie  du  gène  rrs  qui  varie  en  fonction  de  l’espèce 
bactérienne. L’extraction est plus facile à partir de prélèvements liquides.  
Le  service  de  Bactériologie  d’Henri‐Mondor  utilise  la  solution  commerciale  SepsiTest® 
(Molzym) dont la limite de détection est évaluée à 20‐40 bactéries/ml (S. aureus, E. coli) sur 
un échantillon de sang. Une étude récente rapporte une sensibilité diagnostique de 88.5% 
et  une  spécificité  diagnostique  de  83.5%,  par  rapport  à  la  culture  (Grif  K.  et  al  J  Clin 
Microbiol. 2012 Jul; 50(7): 2250–2254).  
La réalisation de ce test est conditionnée par la coexistence de 3 facteurs : 
o Une culture négative en raison de la prise d’antibiotiques avant le prélèvement ou de 
l’infection par une bactérie difficilement cultivable ; 
o Un prélèvement issu d’un site normalement stérile en quantité suffisante (1 mL) ; 
o Une suspicion d’infection bactérienne validée par la discussion clinico‐biologique 

h. La PCR Multiplexe Filmarray “Meningo‐encéphalites” 





 
Le  FilmArray  ME  Panel  permet  la  détection  qualitative  d’acides  nucléiques  de  divers 
bactéries, virus et levures directement à partir de 200µL (5 gouttes) de LCR.  
Pour le moment, seule la recherche des bactéries a été validée par le service de Bactériologie 
d’Henri‐Mondor. Les organismes suivants sont identifiés à l’aide du FilmArray ME Panel 
o Escherichia coli K1 
o Haemophilus influenzae 
o Listeria monocytogenes 
o Neisseria meningitidis (encapsulé) 
o Streptococcus agalactiae (Streptocoque du Groupe B) 
o Streptococcus pneumoniae 
Les  essais  de  performance  ont  révélé  une  limite  de  détection  à  1000  UFC/ml  (sauf 
Méningocoque  et  Pneumocoque :  100  UFC/ml).  Des  résultats  faussement  négatifs  sont 
45 

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possibles en cas de protéinorachie ≥ 5 g/L. La sensibilité diagnostique n’est pas évaluable en 
raison du faible nombre de méningites bactériennes et de la prise d’antibiotiques fréquente 
avant le prélèvement de LCR. La spécificité diagnostique du test est > 99.5% pour toutes les 
bactéries du panel sauf S. pneumoniae pour lequel quelques faux positifs ont été relevés.  
La réalisation de ce test est possible en cas de : 
o Suspicion de méningite ou d’encéphalite communautaire infectieuse 
o ET LCR comportant au moins 10 éléments /mm3 
o ET  Validation  de  l’indication  par  un  microbiologiste  sénior  après  discussion  clinico‐
biologique. La culture reste prioritaire en cas de faible quantité de LCR disponible.  

46 
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16. Tableau synoptique des antibiotiques et antifongiques constituant un choix 
thérapeutique potentiel en fonction de l’espèce 

Oxacilline/Cloxacilline

SA
RM

SA
SM

Antibiotiques

St
re
pt
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S.
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ni
ta
ux

 

X

RN

X

Amoxicilline

X

RN

X

RN

RN

X

RN

RN

RN

RN

Amoxicilline / acide 
clavulanique
Pénicillines

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

Piperacilline

RN

RN

RN

Piperacilline / tazobactam
RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

Mecillinam

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

Cefazoline

X

RN

RN

Cefoxitine

RN

RN

Cefotaxime

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

Céfépime

RN

X

X

X

RN

X
X

Carbapénèmes
Ertapeneme
Aztreonam

X
RN

RN

RN

X

X

RN

RN

RN

RN

RN

RN
RN

Imipeneme

Monobactam

X

RN

Céphalosporines
Ceftriaxone

X

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

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Temocilline

Ceftazidime

RN

RN

RN

RN

RN

RN

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RN

RN

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RN

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RN

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RN

RN

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RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

X

X

RN

RN

RN

Ofloxacine
Fluoroquinolones

Ciprofloxacine

X

Levofloxacine
Gentamicine
Aminosides
Amikacine
Glycopeptide

RN

X

Vancomycine

X

Azithromycine
Macrolides ‐ 
Lincosamides ‐ 
Synergistines

Cycline

Spiramycine

X

X

X

X

X

X

RN

X

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

Pristinamycine

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

Doxycycline

RN

Colistine

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

X

Rifampicine
RN

RN

RN

RN

RN

RN

X

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

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RN

RN

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RN

RN

RN

RN

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RN

RN

RN

X
RN

RN

RN

RN

RN

RN
RN

RN

RN

RN

RN

RN

X

RN
RN

X
RN

X

X

RN

Linezolide
Daptomycine

RN

RN

X

Fosfomycine

Métronidazole

X

X

Clindamycine

Cotrimoxazole

Autres

X
RN

RN

X

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN
RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

RN

Résistance naturelle
> 80 % des souches résistantes
entre 20% et 80% des souches résistantes ou sensibilité inconnue
> 80 % des souches sensibles

X

Molécule de référence (à utiliser préférentiellement)

 

 

 

47 
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Echonocandines

?

Ketoconazole

po

Fluconazole

po, IV

Itraconazole

po, IV

Azolés

Voriconazole

po, IV

tu

ca

u la

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Sc

M

Fu

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C  a

ia

IV

m

Anidulafungine

an

?

m

IV

is h

Micafungine

Levures

Le

IV

ns

Caspofungine

s

Voie 
d'administr
ation

i

DCI

Filamenteux

?

?

?

Posaconazole po, IV (ATU)

Flucytosine

Amphotéricine B

Isavuconazole

po, IV

Flucytosine

po, IV

AmphoB 
liposomale

IV

AmphoB

po, IV

?

48 
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17. Posologies des anti‐infectieux et adaptation à la fonction rénale (plus de détails sur www.sitegpr.com ) 
 
DCI 
  
Oxacilline/Cloxacilline 
Amoxicilline 
Amoxicilline/ac 
clavulanique 
Ticarcilline 
Ticarcilline/ac 
clavulanique 
Temocilline 
Piperacilline 
Piperacilline/tazobactam 
Mecillinam 

Voie 
Posologie (/DFG) 
d'administration 
  
  
> 90  90 ‐ 80  80‐70  70‐60  60 ‐ 50  50 ‐ 40  40 ‐ 30 
30 ‐ 15 
< 15 
HD 
Pénicillines 
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
Bristopen®/Orbenine® 
IV 
150mg/kg/24h en 4 à 6 injections (pas d'adaption thérorique mais baisser les doses de moitié en dessous de 30ml/mn) 
Angine : 1gx2/24h, autres indications de 50mg à 200 
Clamoxyl® 
PO, IV, IM, IVSE  mg/kg/24h, dans tous les cas dose de charge (DC) de  DC puis ½ dose/24h  DC puis ¼ dose/24h  ¼ dose/24h (postHD) 
1g sauf si dialyse péritonéale 
Nom commercial 

Augmentin® 

PO, IV 

Ticarpen® 

IV 

Claventin® 

IV 

Negaban® 
Piperilline® 
Tazocilline® 
Selexid® 
C1G 

IV, IVSE 
IV 
IV 
PO 

Cefazoline 

Kefzol® 

Cefalexine 

Keforal® 
C2G 
Zinnat® 

PO 

Cefamandole 

Cefamandole® 

IV   

Cefoxitine 

Cefoxitine® 

IV, IVSE 

Cefuroxime 

IV, IVSE 

PO 

Idem amox – dose max d’acide clavulanique = 1200mg/24h 
5gx3/24h 

5gx2/24h 

2g/24h (+2g en postHD) 

Idem Ticarcilline 
2gx2ou3/24h 
1gx2/24h 
200mg/kg/j24h(4gx3ou4/24h) 

1g/24h 
1g/48h (postHD) 
4gx3/24h 
4gx2/24h (postHD) 
idem Piperacilline 
200‐400x3/24h 
1/2dose/24h 
1/4 dose/24h 
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
500mg dose de 
500mg dose de 
1 à 2 gx3/24h, si infection  500mg dose de charge 
charge puis 
charge puis 
2gx3/sem (post HD) 
sévère 2g puis 6g/24h IVSE 
puis 500mgx2/24h 
250mgx2/24h 
500mgx3/sem 
1000 mg/12h 
500 mg/12h 
500 mg/24h 
250mg/ 12 à 24h (post HD) 
  
  
  
  
  
  
  
  
  
  
250 à 500mg/12h 
250 à 500 mg/24h  
 250‐500mg/48h (post HD) 
max, 1,5 g 
max 1,5 g toutes 
 750 mg toutes les 8 à 12 h  (non 
3 g/j, max, 1,5 g toutes les 4 h 
toutes les 6 h 
les 8 heures 
dialysable) 
2g sur 1h puis  2g sur 1h puis max 
2g sur 1h puis 6 à 8g/24h IVSE 
2g sur 1h puis max 1g/24h  (postHD) 
max 6g/24h 
4g/24h 

 

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