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Nom original: Microbiote et implications en pathologie digestive.pdf
Titre: Pr Errabih. Conférence Microbiote_J- FORSK-Rabat_10 _12_2017 - Copie [Mode de compatibilité]
Auteur: ERRABIH

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Microbiote et Implications en
Pathologie Digestive
Pr Ikram ERRABIH
Faculté de Médecine et de Pharmacie –Université Med V de Rabat

Service de Médecine “B”, CHU Ibn Sina
2 ème J o u r n é e d e l a F O R S C - R a b a t 10 décembre 2017

Microbiote ?
Flore intestinale

Microflore intestinale

Microbiote intestinal

Microbiote intestinal:

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Ensemble important de microrganismes (cent mille milliards !)
Répartis le long du tractus digestif
Variable selon la localisation, les individus, l’âge, les périodes de vie d’un
même individu,
Etroite symbiose avec notre organisme et forme avec lui un
«supra-organisme » ou « espace métabolique intégré » ou « écosystème
intestinal »

Organe à part entière ou « 2ème cerveau »
Pr ERRABIH I. FMPR Service de Médecine B-CHU Ibn Sina Rabat-J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Ecosystème intestinal
Fonctionnement extrêmement dynamique grâce à un dialogue

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

permanent (quorum sensing) :
Entre les différentes espèces de bactéries constituant le
microbiote
Et entre le microbiote et l’hôte, à l’origine de l’homéostasie de
l’écosystème

Pr ERRABIH I. FMPR Service de Médecine B-CHU Ibn Sina Rabat-J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

From Round JL & Mazmanian SK Nat Rev Immunol 2009
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Taille et surface des segments
du tube digestif

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Longueur Diamètre
cm
(cm)
Bouche
Œsophage
Estomac
Duodénum
Jéjunum
IIéon
Caecum
Côlon
Rectum

15-20
25
25
25
300
60
10
150
20

10
2.5
15
5
5
5
7
5
2.5

Surface
d’absorption
(m²)
0.07
0.02
0.11
0.09
60
60
0.05
0.15
0.015

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Le Tractus Digestif : une importante
surface disponible pour le «Microbiote»
La surface dépliée de la muqueuse digestive humaine

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

correspond à celle de 2 terrains de tennis (400 m2)

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Quelques chiffres !

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

1g de selles

1011bactéries

Il y a dans notre intestin :
1,5 -2 Kg de bactéries
1014 micro-organismes
plus de 3000 espèces
Représentant 3.3 millions de gènes bactériens
Le métagénome = 150 fois le génome humain !!!
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Culture du microbiote !

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

22%

78%

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Techniques de culture
1-Techniques classiques de culture

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

2-Techniques basées sur le séquençage de l’ARN 16S : +++
Espèces nouvelles, non cultivables par les techniques classiques
3-Séquençage de l’ADN à haut débit (pyroséquençage):
Séquençage et identification de tous les gènes des bactéries présentes dans
l’écosystème digestif humain: Métagénome
4-Clonage des grands fragments d’ADN :
Identification des espèces responsables de certaines fonctions physiologiques
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Séquençage du Microbiote
2 sujets sains

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Mois

P.Seksik. Gut 2003
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Unique pour chaque individu

« Code barre »
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Diversité de la population microbiote

Microscopie électronique à balayage sur matières fécales humaines

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Microbiote intestinal humain:
Trois phyla (divisions) majeurs

Actinobacteria

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Bacteroidetes

Firmicutes

Eckburg et al.2005
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

S.H. Duncan, H.J. Flint. Maturitas 2013
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Microbiote Intestinal : Répartition

Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Fonctions liées à la défense de
l’hôte
Maturation de la barrière intestinale : en consolidant le système
des jonctions serrées et du système vasculaire de la muqueuse 
Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

« résistance à la colonisation » ou« effet barrière »
Bactéries ,Virus, AINS, Alcool, Ischémie-reperfusion, stress,
inflammation

P.Bourlioux. Annales Pharmaceutiques Françaises. 2014
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L’effet de barrière
Log 12

Antibiotique

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

10

8
Microbiote intestinal
Clostridium difficile
6

4

2
0

5 Temps (jours) 10

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15

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Microbiote et
système immunitaire

Microbiote joue un rôle de régulation du système
immunitaire.
Microbiote: équilibre entre les réponses Th1 et Th2

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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Interactions microbiote et système immunitaire et orientations de la réponse immune.
O.Goulet. Journal de Pédiatrie et de Puériculture (2009)
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Fonctions métaboliques

Capacité métabolique équivalente à celle du foie!

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Fonctions que notre organisme ne possède pas!
hydrolyse des polyosides végétaux,
production d’acides gras à chaîne courte
Vitamines
enzymes détoxifiant les xénobiotiques

Régulation de l’appétit et stockage des lipides

P.Bourlioux. Annales Pharmaceutiques Françaises. 2014
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Fonctions du Microbiote

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Autres propriétés du Microbiote
Relation directe avec le système nerveux central

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

( Microbiota- Gut- Brain Axis):
Rôle du microbiote sur le développement du cerveau et sur le
comportement

de

l’hôte,

évoquant

un

système

de

communication pouvant influencer un large spectre de
maladies telles que:
l’intestin irritable SII
Désordres psychiatriques
Pathologies démyélinisantes (sclérose multiple)
P.Bourlioux. Annales Pharmaceutiques Françaises. 2014
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Modulation du Microbiote

Walsh, C.J., et al. FEBS Lett.2014
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Prébiotiques

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Composants non digestibles de la nourriture susceptibles de
favoriser la croissance ou l’activité de souches microbiennes
bénéfiques du microbiote:
Inuline et trans-galacto-oligosaccharides favorisant la croissance
des Bifidus

Hamza S. Et al. mt 2013
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Probiotiques

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Micro-organismes vivants à effet positif sur la santé
lorsqu’elles sont administrées en quantité adéquate:
S. Boualardii, Bifidobacterium, Lactobacillus
Probiotique qui permettra de répondre parfaitement à une
pathologie donnée?

P.Bourlioux. Annales Pharmaceutiques Françaises. 2014
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Transplantation du
Microbiote fécal
Correspond à l’administration de souches bactériennes qui
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ont disparu, qui sont utiles à l’hôte et qu’il faut restituer.
Correspond à la restitution de l’effet barrière du microbiote.
Indication principale: Infection récurrente à CD
Autres pathologies: MICI, Obésité, Autisme…
Nombreux succès publiés
P.Bourlioux. Annales Pharmaceutiques Françaises. 2014
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Maladies inflammatoires intestinales

L.P. Smits et al. Gastroenterology 2013
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Microbiote et diarhée ATB

Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Diarhée post ATB/ Mécanisme

Beaugerie L. Post’U 2009
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Diarrhée post ATB/ Agents
Pathogènes

Clin Gastroenterol Hepatol 2003
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Diarrhée ATB /
Classes ATB/Agents pathogènes

Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

World gastroenterology Organisation Global Guidelines, Probiotics and Prebiotics, February 2017
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Saccharomyces Boulardii
CNCM I-745
Prévention de la dysbiose et diarrhée au cours des traitements ATB, voyages,
gastro-entérites

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Réduction de 80% du risque de la diarrhée post ATB
Kotowska M et al. Aliment Pharmacol Ther 2005

Réduction de 69% du risque de survenue d’un nouvel épisode de diarrhée
aigue

Billoo AG et al. World J Gastroenterol 2006

Traitement
Réduction de la durée de la diarrhée aigue à 2 jours
Burande MA et al. J Pharmacol Pharmacother. 2013

Réduction de 75% de la durée des diarrhées infectieuses
Villaruel G et al. Acta Pediatr 2007
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Saccharomyces Boulardii
CNCM I-745
Rétablissement du Microbiote intestinal
Saccharomyces boulardii CNCM I-745 rétablit de façon rapide le

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

microbiote intestinal après un épisode de dysbiose
Moré MI et al. Clin Exp Gastroenterol 2015

Traitement ATB

Réduction de Ralstonia et augmentation

d’E Coli et Shigella ( selles)
Saccharomyces boulardii CNCM I-745 + Amoxicillin/Clavulanate
Prévient la pullulation d’E.Coli et Shigella (p<0,05)
Prévient la diarrhée associée aux ATB ( p<0,05)
Kabbani TA et al. Gut Microbes 2016
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

E. Im, C. Pothoulakis; Gastroentérologie Clinique et Biologique (2010)
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Guidelines WGO
Saccharomyces boulardii CNCM I-745 / Indications Adulte

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Indication

Niveau de Preuve

Diarrhée/ ATB

1

Diarrhée aigue

2

Eradication H. Pylori

2

Intestin irritable ( SII)

2

Diarrhée/ C. Difficile

3

World gastroenterology Organisation Global Guidelines, Probiotics and Prebiotics, February 2017
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

World gastroenterology Organisation Global Guidelines, Probiotics and Prebiotics, February 2017
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Microbiote et Infection à Clostridium
Difficile ( ICD)

Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et ICD
Une maladie écologique du microbiote:
Porteurs sains de CD: Nourissons, antibiothérapie récente chez
Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

certains sujets: pas de traitement , pas de surveillance

+++

Malades symptomatiques: diarrhée ou colite ± grave, pfs mortelle:
souches toxinogènes dans les selles
ICD: Acquisition du pathogène + conditions écologiques
favorables + baisse de la défense de l’hôte contre la
pullulation de CD et l’action de ses toxines
Surawiz CM et al. Am J Gastroenterol 2013
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Colite pseudo-membraneuse
C.Difficile

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Microbiote et ICD
Facteurs de risque de l’ICD:

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Antibiothérapie récente +++
Hospitalisations
Chimiothérapies
Age > 65 ans
MICI
Récemment IPP ( mais pas de rôle dans la récidive) *

Leontiadis GI. Am J Gastroenterol 2013
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Microbiote et ICD
Richesse microbienne et biodiversité plus basses chez les mdes

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

avec ICD que chez les porteurs sains et chez les sujets sains.
Ecosystème riche en Bacteroidetes : moindre portage de CD et
d’ICD
ICD récidivante=dysbiose=proportions faibles de Bacteroidetes
et Firmicutes vs sujets sains.

Golberg E et al. Eur J Clin Microbiol Infect Dis 2014; Song Y et al . PLoS One 2013
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Traitements ICD
Première ICD:
ATB: Taux de récidive 20-30%

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Formes récidivantes:
Saccharomyces boulardi : diminue l’incidence des récidives
ultérieures
Fidaxomicine: taux de récidive plus faible
Récidives multiples:
Vancomycine: efficacité 60% 1ère récidive ,diminue lors des
rechutes ultérieures

Surawiz CM et al. Am J Gastroenterol 2013 ;
Louie TJ et al. N Engl J Med 2011;
Debast SB et al . Clin Microbiol Infect 2014

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TMF / IRCD
TMF: solution séduisante: rétablissement d’un microbiote équilibré

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

IRCD: Niveau de preuve le plus élevé pour TMF
1ère Etude randomisée: efficacité de la TMF vs Vancomycine
Résultats:
Disparition de la diarrhée à C. difficile, sans rechute dans les 10
semaines
Efficacité globale TMF: 93,8 %
Van Nood E et al. N Engl J Med 2013
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Van Nood E et al. N Engl J Med 2013
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Implication du Microbiote
dans les MICI

Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et MICI
 Réduction

diversité du microbiote du colon des malades atteints

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

de MICI au site de l'inflammation

Ott et al. Gut 2003
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Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Microbiote et MICI

Proportions basses de Firmicutes au cours des MICI
Sokol et al. IBD 2009
Pr ERRABIH I. FMPR - Service de Médecine B- CHU Ibn Sina Rabat- J - F O R S K - 1 0 / 1 2 / 2 0 1 7

Microbiote et Implications en Pathologie Digestive

Microbiote et MICI

Proportions basses de C. leptum (F. prausnitzii) au cours de la MC
Sokol et al. IBD 2006
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