hiv .pdf



Nom original: hiv.pdf
Titre: hiv1 gag - Protein Results
Auteur: Blanc

Ce document au format PDF 1.5 a été généré par Microsoft® Office Excel® 2007, et a été envoyé sur fichier-pdf.fr le 20/01/2019 à 18:57, depuis l'adresse IP 109.128.x.x. La présente page de téléchargement du fichier a été vue 148 fois.
Taille du document: 140 Ko (12 pages).
Confidentialité: fichier public




Télécharger le fichier (PDF)










Aperçu du document


Dominique voici mon travail (6 pages)
Encore merci pour tes éclairages en statistique.
Peux-tu me dire ce que tu en penses et si c'est suffisemment clair et compréhensible.
D'avance merci.
François

Etude des Corrélations entre acides aminés de différentes séquences
de gag protein [Human immunodeficiency virus 1]
1) Population: Nos échantillons proviennent de Chine et sont issus d'une population de 12
Intravenuses Users Drugs (iuds) sur les quels il a été observé l'évolution du virus à travers le temps.
Le type de virus est le CRF07_BC (très répandu en chine chez les iuds)
Ils ont été téléchargés depuis "Genbank":
Echantillon 1
Echantillon 2
Echantillon 3
Echantillon 4
Echantillon 5
Echantillon 6
Echantillon 7
Echantillon 8
Echantillon 9
Echantillon 10
Echantillon 11
Echantillon 12
Echantillon 13
Echantillon 14

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418662
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418664
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418666
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418668
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418676
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418680
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418694
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418700
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418736
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418784
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418786
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418796
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418812
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418826

Echantillon 15

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418652

Echantillon 16

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418726

Echantillon 17

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418734

Echantillon 18

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418742

Echantillon 19

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418744

Echantillon 20

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/164418746

2) Méthode:
a) Un programme excel vba va ouvrir les séquences "gag protein" et
va totaliser le nombre de fois qu'un aa est repris dans la séquence
et l'exprimer en pourcentage des aa totaux (voir tableau ci-dessous)
b) Un autre programme va supprimer les séquences "gag protein" identiques.
94 Fichiers ont été téléchargés et les doublons ont été supprimés.
Les 20 Echantillons sont donc les fichiers restants (cf liens ci-dessus)

Le tableau ci-dessous reprend les pourcentages obtenus pour chaque aa.

7,00
0,00
2,06
3,91
7,41
3,09
7,61
2,26
4,94
0,00
8,44
8,02
2,88
4,32
0,00
6,38
6,79
5,14
5,56
6,38
0,00
4,53
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 15

7,00
0,00
2,06
3,70
7,61
3,09
7,61
2,26
4,94
0,00
8,23
8,02
2,88
4,32
0,00
6,38
6,79
5,35
5,56
6,38
0,00
4,53
1,65
0,21
1,44
0,00

Echantillon 14

7,00
0,00
2,06
3,70
7,61
3,09
7,61
2,26
4,94
0,00
8,44
8,02
2,88
4,53
0,00
6,38
6,79
5,14
5,35
6,38
0,00
4,53
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 13

7,00
0,00
2,06
3,70
7,61
3,09
7,61
2,47
4,94
0,00
8,44
8,02
2,88
4,32
0,00
6,38
6,58
5,14
5,56
6,38
0,00
4,53
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 12

7,00
0,00
2,06
3,70
7,61
3,09
7,61
2,47
4,94
0,00
8,44
8,02
2,88
4,32
0,00
6,58
6,58
5,14
5,14
6,58
0,00
4,53
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 11

7,00
0,00
2,06
3,91
7,41
3,09
7,61
2,26
4,94
0,00
8,44
8,02
2,88
4,32
0,00
6,38
6,79
5,14
5,35
6,58
0,00
4,53
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 10

7,00
0,00
2,06
3,70
7,41
3,09
7,61
2,06
5,35
0,00
8,02
8,02
2,88
4,73
0,00
7,00
7,00
5,56
4,94
5,76
0,00
4,73
1,65
0,00
1,44
0,00

Echantillon 9

6,79
0,00
2,06
3,50
7,61
2,88
7,20
2,06
5,56
0,00
8,02
8,02
2,67
4,73
0,00
7,20
6,79
5,97
5,14
5,76
0,00
4,94
1,65
0,00
1,44
0,00

Echantillon 8

6,58
0,00
2,06
3,91
7,20
2,88
7,41
2,06
5,56
0,00
8,23
8,02
2,88
4,53
0,00
7,20
6,79
5,56
5,14
5,76
0,00
4,94
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 7

6,79
0,00
2,06
3,70
7,41
3,09
7,61
2,06
5,35
0,00
8,02
8,02
2,88
4,73
0,00
7,00
7,00
5,35
5,35
5,76
0,00
4,73
1,65
0,00
1,44
0,00

Echantillon 6

6,79
0,00
2,06
3,70
7,41
3,09
7,41
2,26
5,14
0,00
8,02
8,02
3,09
4,73
0,00
7,00
6,79
5,35
5,35
5,76
0,00
4,73
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 5

6,79
0,00
2,06
3,91
7,41
3,09
7,20
2,26
5,14
0,00
8,02
7,82
3,09
4,53
0,00
7,00
6,58
5,76
5,35
5,76
0,00
4,94
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 4

6,79
0,00
2,06
3,70
7,20
2,88
7,41
2,06
5,56
0,00
8,23
8,02
2,88
4,73
0,00
7,20
6,79
5,56
5,14
5,76
0,00
4,73
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 3

* aa essentiel

6,79
0,00
2,06
3,70
7,41
2,88
7,61
2,06
5,56
0,00
8,02
8,02
2,88
4,73
0,00
7,00
6,79
5,35
5,35
5,76
0,00
4,73
1,85
0,00
1,44
0,00

Echantillon 2

Echantillon 1
1 Alanine
2
3 Cystéine
4 Aspartate
5 Glutamate
6 Phéylalanine *
7 Glycine
8 Histidine *
9 Isoleucine *
10
11 Lysine *
12 Leucine *
13 Methionine *
14 Asparagine
15
16 Proline
17 Glutamine
18 Arginine
19 Sérine
20 Thréonine *
21
22 Valine *
23 Tryptophane *
24
25 Tyrosine
26

6,79
0,00
2,06
3,70
7,20
3,09
7,82
2,26
5,35
0,00
8,02
8,02
2,88
4,53
0,00
7,20
6,58
5,35
5,35
5,76
0,00
4,73
1,85
0,00
1,44
0,00

suite …

6,91
0,00
2,03
3,86
7,32
3,05
7,72
2,24
4,67
0,00
8,54
8,13
2,64
4,07
0,00
6,10
7,32
5,08
5,49
7,11
0,00
4,47
1,83
0,00
1,42
0,00

Echantillon20

7,11
0,00
2,03
3,86
7,11
3,05
7,52
2,24
4,88
0,00
8,54
7,93
2,64
4,27
0,00
6,30
7,32
5,08
5,49
6,71
0,00
4,67
1,83
0,00
1,42
0,00

Echantillon19

7,32
0,00
2,03
3,86
7,32
2,85
7,52
2,24
4,88
0,00
8,54
8,13
2,85
4,27
0,00
6,30
7,32
5,08
5,28
6,50
0,00
4,47
1,83
0,00
1,42
0,00

Echantillon18

* aa essentiel

7,11
0,00
2,03
3,86
7,11
3,05
7,72
2,24
4,88
0,00
8,74
7,93
2,85
4,27
0,00
6,30
7,32
5,08
5,08
6,71
0,00
4,47
1,83
0,00
1,42
0,00

Echantillon17

Echantillon16
1 Alanine
2
3 Cystéine
4 Aspartate
5 Glutamate
6 Phéylalanine *
7 Glycine
8 Histidine *
9 Isoleucine *
10
11 Lysine *
12 Leucine *
13 Methionine *
14 Asparagine
15
16 Proline
17 Glutamine
18 Arginine
19 Sérine
20 Thréonine *
21
22 Valine *
23 Tryptophane *
24
25 Tyrosine
26

6,91
0,00
2,03
3,86
7,52
3,05
7,32
2,24
4,88
0,00
8,54
7,93
2,85
4,27
0,00
6,30
7,32
5,08
5,28
6,91
0,00
4,47
1,83
0,00
1,42
0,00

Voici les tableaux de corrélations qui lient les aa entre eux pour les 20 échantillons repris dans l'étude.
Nous colorions en jaune les corrélations r<-0,7 & r>0,7

-0,5
0,23
0,02
0,15
0,34
0,45
-0,7

-0,5
0,42
0,11
-0,1
-0,1
0,58

-0,5
0,12
0,06
0,17
-0,5

0,24
-0,2 0,37
0,33 0,56 0,27
-0,1 -0,5 -0,3 -0,7

0,68
0,15
-0,3
-0,6

-0,7
0,02
0,52
0,65

0,53
-0,2
0,08
-0,6

-0,2
0,11
0,15
0,07

0,09
-0,3
0,25
-0,3

0,28
0,43
-0,2
-0,3

0,48 -0,8
-0,1
-0
0,15 0,18
-0,6 0,87

0,05
-0,4 -0,3
-0,8 -0,1 0,39

-0,8
0,49
-0,6
0,14
0,65

0,63
-0,9
0,54
-0
-0,7

-0,5
0,38
-0,5
0,21
0,46

-0,1
-0,4
0,1
0,18
0,03

-0,3
-0,2
-0,3
0,34
0,27

-0,4
0,08
-0,6
0,21
0,31

-0,6
-0,2
-0,6
0,44
0,54

-0,9
0,56
-0,8
0,16
0,9

-0,7
0,03

0,49 -0,3 -0,2 -0,3 -0,6 -0,6 0,82
-0,2 0,52 -0,3
-0 0,08 0,44 -0,3

-0,8 -0,3 0,2 0,73
0,41 -0,1 0,22 -0,3

-0,5

1 -0,5 0,42 0,11 -0,1 -0,1 0,58

-0,7 0,02 0,52 0,65

0,94
-0,4
0,78
-0,5
-0,9

-0,1
0,09
-0,2
0,07
0,09

0,35
-0,5
0,19
-0,1
-0,5

0,88
-0,4
0,72
-0,4
-0,9

15

14 Asparagine

13 Methionine *

12 Leucine *

11 Lysine *

10

9 Isoleucine *

8 Histidine *

7 Glycine

6 Phéylalanine *

5 Glutamate

4 Aspartate

3 Cystéine

* aa essentiel

2

1 Alanine
1 Alanine
2
3 Cystéine
4 Aspartate
5 Glutamate
6 Phéylalanine *
7 Glycine
8 Histidine *
9 Isoleucine *
10
11 Lysine *
12 Leucine *
13 Methionine *
14 Asparagine
15
16 Proline
17 Glutamine
18 Arginine
19 Sérine
20 Thréonine *
21
22 Valine *
23 Tryptophane *
24
25 Tyrosine
26

Suite…

-0,2

0,63 -0,9 0,54

0,49 -0,2

-0 -0,7

26

0,88 -0,4 0,89 -0,3 -0,8
-0,2 -0,1 -0,4 0,2 0,26

25 Tyrosine

-0,5
0,82 -0,4
-0,5 -0,1 -0,4
-0,9 0,58 -0,8 0,33

24

23 Tryptophane *

22 Valine *

21

20 Thréonine *

19 Sérine

18 Arginine

* aa essentiel

17 Glutamine

16 Proline
1 Alanine
2
3 Cystéine
4 Aspartate
5 Glutamate
6 Phéylalanine *
7 Glycine
8 Histidine *
9 Isoleucine *
10
11 Lysine *
12 Leucine *
13 Methionine *
14 Asparagine
15
16 Proline
17 Glutamine
18 Arginine
19 Sérine
20 Thréonine *
21
22 Valine *
23 Tryptophane *
24
25 Tyrosine
26

Corrélations positives et négatives au travers des 20 échantillons

Lys

His

Iso

Pro

Asparagine

Val

Arg

Tyrosine

Cys

Ala

Thr

Glutamine

Arg
Asparagine

Iso
Pro
Val
corrélation négative
corélation positive
3) Conclusion:
On voit que la Lysine et la Thréonine, soit 10% des acides aminés
sont impliquées dans 70% des corrélations négatives (r< -0,7) et sont corrélée l'une à l'autre (r=0,9)
Ces deux acides aminés sont les facteurs limitants du riz.
Agissent-ils en cette qualité dans ces relations?
La question reste posée…
Cela voudrait-il dire que les mutations ont peut-être une certaine logique?
Pour toutes infos n'hésitez pas à me contacter:
lespetitsapprentis@skynet.be



Documents similaires


karno boost
td bch 231 l2 proteines
roneo exploration metabolisme proteique 230112
correction3 pdf
16 11 15 9h00 10h00 gervois
d1 uenutrition metabolismeazteetaa 0410 odt 1


Sur le même sujet..