PCSI Observatoire microbiologique .pdf



Nom original: PCSI Observatoire microbiologique.pdf
Titre: PCSI Observatoire microbiologique
Auteur: Evens EMMANUEL et Ketty BALTHAZARD-ACCOU

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Université Quisqueya
Laboratoire de Qualité de l’Eau
et de l’Environnement

Mise en place d’un observatoire sur la
qualité microbiologique des ressources
en eau douce dans 3 grandes villes de
la Caraïbe (Port-au-Prince, Santo
Domingo et la Havane)

Proposition de Coopération Scientifique Interuniversitaire entre l’Université Quisqueya
(Haïti), l’Instituto Tecnologico de Santo Domingo (République Dominicaine), l’Université
de la Havane (Cuba) et l’Université Picardie Jules Verne (France)

UNIVERSITÉ QUISQUEYA
LABORATOIRE DE QUALITÉ DE L’EAU ET DE L’ENVIRONNEMENT
B.P. 796
Port-au-Prince, Haïti
Téléphone : (509) 222-8718
Fax : (509) 221–4211
e-mail : laque.uniq@yahoo.fr

Port-au-Prince, mai 2007

Sommaire

Sommaire ............................................................................................................................. 2
Résumé ................................................................................................................................. 3
Mots clés : Ressources en eau, contamination microbiologique, risques
sanitaires,épidémiologie, observatoire, Caraïbe. ................................................................. 3
Abstract ................................................................................................................................ 4
Resumen ............................................................................................................................... 5
Contexte ............................................................................................................................... 6
Objectif général .................................................................................................................... 8
Objectifs spécifiques ......................................................................................................... 8

Proposition d’une méthodologie commune.......................................................................... 9
Plan sommaire du travail à réaliser................................................................................... 9

Proposition d’un cadre expérimental pour Haïti ................................................................ 10
Site de l’étude ................................................................................................................. 10
Prélèvement des échantillons d’eau................................................................................ 11
Paramètres sélectionnés ................................................................................................. 12
Caractérisation microbiologique ............................................................................................ 12
Caractérisation physicochimique ........................................................................................... 12

Organisation du projet ....................................................................................................... 13
Université Quisqueya ...................................................................................................... 13
Université de la Havane .................................................................................................. 13
Université Picardie Jules Verne....................................................................................... 13
Instituto Tecnologico de Santo Domingo........................................................................ 13

Responsabilités de l’Université Quisqueya......................................................................... 13
Responsabilités de l’Université de la Havane..................................................................... 14
Responsabilités de l’Université Picardie Jules Verne ......................................................... 15
Responsabilités de l’Instituto Tecnologico de Santo Domingo .......................................... 15
Indicateurs d’évaluation .................................................................................................... 16
Diffusion de résultats ......................................................................................................... 16
Budget détaillé du projet (les deux premières années) ..................................................... 17
Résumé du budget total ...................................................................................................... 21
Répartition du budget ......................................................................................................... 21
Références bibliographiques .............................................................................................. 22

2

Résumé
Les maladies liées à la contamination de l’environnement par des microorganismes sont nombreuses
dans les pays en voie de développement, notamment celles dues à des bactéries, virus et protozoaires
transmis par l’eau. Or la majorité des agents pathogènes contenus dans l’eau utilisée pour la boisson
et les différents besoins de la vie, pour la baignade, voire pour les activités de loisir proviennent d’une
contamination fécale d’origine humaine mais aussi animale. L’impact de ces infections est drastique
pour ces populations.
En Haïti, le risque de contamination fécale de l’environnement est particulièrement élevé. Un numéro
plus probable (NPP) de 700 coliformes fécaux pour 100 ml a été dénombré dans les eaux souterraines
de cet espace urbain. Ces valeurs, largement supérieures à 0 NPP/100ml, mettent en évidence
l’existence d’un danger microbiologique lié à l’eau de boisson pour la santé des consommateurs.
L’objectif de ce travail est d’étudier, durant les saisons sèche et pluvieuse, la contamination de l’eau
destinée à la consommation humaine, les eaux de surface et souterraine des grandes villes de la
Caraïbe. Les marqueurs de contamination fécale des eaux qui sont étudiés sont : les coliformes fécaux
(E. coli), les entérocoques fécaux (Streptocoques fécaux), les clostridia sulfito-réductrices, les oocystes
de cryptosporidium et d’helminthes et les entérovirus.
Ce projet se veut un programme de recherche pouvant s’étendre sur plusieurs années. Une première
étude se fera sur une période de 2 ans en associant Le Laboratoire de Qualité de l’Eau et de
l’Environnement de l’Université Quisqueya (Haïti), l’Université de la Havane (Cuba), l’Université Picardie
Jules Verne (France) et l’Instituto Tecnologico de Santo Domingo (République Dominicaine). Les travaux
doivent conduire à la création d’un observatoire Caribéen sur la microbiologie des ressources en eau
douce de la région.
Résultats attendus : (i) Comparer les résultats obtenus à Port-au-Prince avec ceux de la Havane et de
Santo Domingo ; (ii) évaluer les risques biologiques liées à la contamination des ressources en eau
utilisées pour la boisson et la baignade ; (iii) créer une unité de recherche sur la microbiologie des
écosystèmes aquatiques en milieu tropical de l’Université Quisqueya ; (iv) créer un observatoire sur la
qualité microbiologique des ressources en eau douce dans trois grandes villes de la Caraïbe ; (v) créer
un réseau de chercheurs sur la microbiologie des écosystèmes aquatiques en milieu tropical dans la
Caraïbe; (vi) jeter les bases de la future « Société Caraïbéenne de la microbiologie des

écosystèmes aquatiques en milieu tropical ».
Mots clés : Ressources en eau, contamination microbiologique, risques sanitaires,épidémiologie,
observatoire, Caraïbe.

3

Abstract
The diseases related to the contamination of the environment by micro-organisms are numerous in
the countries in the process of development, in particular those due to bacteria, virus and protozoa
transmitted by water. However the majority of the pathogenic agents contained in the water used for
drink and the various needs for life, for bath, even for the activities of leisure come from a fecal
contamination of human but so animal origin. The impact of these infections is drastic for these
populations.
In Haiti, the risk of fecal contamination of the environment is particularly high. Most probable number
(NPP) of 700 fecal coliforms for 100 ml was counted in groundwater from Port-au-Prince urban space.
These values, largely higher than 0 NPP/100ml, highlight the existence of a microbiological danger
related to drinking water for health consumers.
The objective of this work is to study, during dry and rainy seasons, the water contamination intended
for drinking, surface and groundwater of three large cities of the Caribbean. The markers of fecal
contamination of water which is studied are: fecal coliforms (E coli), the enterococus fecal
(Streptococcus fecal), sulfito-reducing clostridia, oocysts of cryptosporidium and helminthes, and
enterovirus.
This project wants to be a research program which can extend over several years. A first study will be
done over period of two years by associating the Laboratory of Quality of the Water and the
Environment of the University Quisqueya (Haiti), the University of Havana (Cuba), the University
Picardy Jules Verne (France) and Instituto Tecnologico de Santo Domingo (Dominican Republic).
Expected outcomes: (i) To compare the results obtained in Port-au-Prince with those of Havana and
Santo Domingo; (ii) to evaluate the biological risks related to the contamination of drinking and
bathing water resources by pathogen microorganisms; (iii) to create a research unit on aquatic
ecosystem microbiology in tropical regions at Quisqueya University; (iv) to create an observatory on
the microbiological quality of fresh water resources in three large cities of the Caribbean; (v) to create
a research network on aquatic ecosystem microbiology in tropical regions in the Caribbean; (vi) to
provide the foundations of the future "Caribbean Society of aquatic ecosystem microbiology in tropical
regions".

Key words: Water resources, microbiological contamination, human health risks, epidemiology,
observatory, Caribbean.

4

Resumen
Las enfermedades vinculadas a la contaminación del medio ambiente por microorganismos son
numerosas en los países en vía de desarrollo, en particular, las debidas bacterias, virus y protozoos
transmitidos por el agua. Ahora bien la mayoría de los agentes patógenos contenidos en el agua
utilizada para la bebida y las distintas necesidades de la vida, para el baño, o incluso para las
actividades de ocio proceden de una contaminación fecal de origen humano y también animal. El
impacto de estas infecciones es drástico para estas poblaciones.
En Haití, el riesgo de contaminación fecal del medio ambiente es especialmente elevado. Se contó un
número más probable (NPP) de 700 coliformes fecales para 100 ml en las aguas subterráneas del
espacio urbano de Puerto Principe. Estos valores, ampliamente superiores a 0 NPP/100ml, ponen de
relieve la existencia de un peligro microbiológico vinculado al agua de bebida para la salud de los
consumidores.
El objetivo de este trabajo consiste en estudiar, durante las temporadas secos y lluviosos, la
contaminación del agua destinada al consumo humano, las aguas de superficie y subterránea de las
grandes ciudades del Caribe. Los marcadores de contaminación fecal de las aguas que se estudia son:
los coliformes fecales (E. coli), los enterococos fecales (Estreptococos fecales), los clostridia
reductores sulfito, los oocistos de cryptosporidium y helmintos, y los enterovirus.
Este proyecto quiere ser un programa de investigación que puede extenderse sobre varios años. Un
primer estudio se hará sobre un período de 2 años asociando el Laboratorio de Calidad del Agua y el
Medio ambiente de la Universidad Quisqueya (Haití), a Universidad de La Habana (Cuba), la
Universidad Picardía Julio Verne (Francia) y el Instituto Tecnologico de Santo Domingo (la República
Dominicana).
Resultados esperados: (i) Comparar los resultados obtenidos a Port-au-Prince con los de La Habana y
Santo Domingo; (ii) evaluar los riesgos biológicos vinculadas a la contaminación de los recursos
hidráulicos utilizados para la bebida y el baño; (iii) crear una unidad de investigación sobre la
microbiología de los ecosistemas acuáticos en medio tropical de la Universidad Quisqueya; (iv) crear
un observatorio sobre la calidad microbiológica de los recursos en agua dulce en tres grandes
ciudades del Del Caribe; (v) crear una red de investigadores sobre la microbiología de los ecosistemas
acuáticos en medio tropical en el Caribe; (vi) sentar las bases de la futura "Sociedad Caribena de la
microbiología de los ecosistemas acuáticos en medio tropical".

Palabras claves: Recursos hydricos, contaminación microbiológica, riesgos sanitarios, epidemiología,
observatorio, el Caribe.

5

Contexte
L’espace urbain crée un milieu épidémiologique spécifique, particulièrement dans les pays du Tiersmonde où s’accumulent pauvreté et « tropicalité »; la circulation des germes pathogènes au sein de la
population transite en effet par des intermédiaires, parmi lesquels l’eau joue un rôle majeur (Tessier,
1992). En effet, Emmanuel et Lindskog (2002) avancent que dans les pays en développement (PED),
les villes sont caractérisées, entre autres, par une faible couverture des services de base, tels que
l’approvisionnement en eau potable, la collecte et le traitement des eaux usées, le drainage des eaux
pluviales et la collecte des déchets solides (hospitaliers, domestiques et industriels). Dans de telles
conditions environnementales, la morbidité et la mortalité chez les enfants et les jeunes adultes sont
surtout liées aux maladies infectieuses, particulièrement celles du péril fécal-oral (Bonnard, 2001).
Les maladies liées à la contamination de l’environnement par des microorganismes sont nombreuses
dans les pays en voie de développement, notamment celles dues à des bactéries et des protozoaires
transmis par l’eau (Savioli 2006). L’impact de ces infections est drastique pour ces populations. Haas
et al. (1999) citent que les femmes enceintes, les personnes âgées, les nouveaux nés et les
immunodéprimés comme les groupes cibles les plus sensibles à ces maladies. Pour ces différents
groupes de la population sensible, il y a non seulement un risque élevé de morbidité et de mortalité
liées aux agents pathogènes, mais également la possibilité d’apparition d’effets sévères liés aux
agents dits opportunistes.
En Haïti, le risque de contamination fécale de l’environnement est particulièrement élevé. En effet,
TRACTEBEL (1998) a dénombré des amas en coliformes totaux et fécaux dans les sources exploitées
par la Centrale Autonome Métropolitaine d’Eau Potable (CAMEP) pour alimenter la population de la
Communauté urbaine de Port-au-Prince. Emmanuel (2004) a détecté un numéro plus probable (NPP)
de 700 coliformes fécaux pour 100 ml dans les eaux souterraines de la plaine du Cul-de-sac. Ces
valeurs, largement supérieures à 0 NPP/100ml, mettent en évidence l’existence d’un danger
microbiologique lié à l’eau de boisson pour la santé des consommateurs.
Par ailleurs, pour évaluer le danger microbiologique relatif à l’eau de boisson, on procède le plus
souvent à la caractérisation des marqueurs classiques de pollution fécale des eaux, notamment la E.
coli et les entoro-bactéries aérogènes. Cependant, un certain nombre d’épisodes épidémiques liés à la
consommation d’eau aujourd’hui sont provenus, au cours des dernières décennie, de germes d’une
autre nature pour lesquels le suivi des indicateurs traditionnels n’est pas totalement satisfaisant
(Bonnard, 2001). C’est le cas de Cryptosporidium parvum, protozoaire parasite responsable d’une
infection appelée la cryptosporidiose. Les oocystes de ce dernier font partie des pathogènes les plus
résistants aux types de traitement classique telle que la désinfection chimique; ils présentent un haut
niveau d’infectiosité et ils peuvent survivre pendant plusieurs mois à une température de 30°C (Fayer
et al., 1998).

6

La présence d’oocytes de cryptosporidies a été décelée dans les eaux de surface utilisées à Port-auprince pour la consommation humaine et dans les eaux distribuées par le réseau public (Brasseur,
2002). En Haïti, la cryptosporidiose est responsable de 17% des diarrhées aiguës, observées chez les
enfants de moins de 2 ans et de 30% des diarrhées chroniques chez les patients contaminés par le
VIH (Pape et al., 1987). A Port-au-Prince, une étude menée entre 2000 et 2001, portant sur 1529
examens cropologiques parasitaires, indique que la prévalence de Cryptosporidium sp. est de 10,3%.
Elle est de 98,2% chez les adultes VIH positifs et de 1,8% chez les VIH négatifs (Raccurt, 2002).
En Haïti, les nématodes intestinales sont fréquentes (Champetier de Ribes et al., 2005), mais leur
présence dans les ressources en eau et les écosystèmes aquatiques exploitées par la population n’a
pas fait l’objet d’études et de recherche scientifique. Par ailleurs, l'eau a toujours été un vecteur
important dans la transmission des maladies virales, cependant aucune étude n’est encore réalisée sur
la présence des marqueurs de pollution virale dans les ressources en eau du pays. Toutefois, la
décharge dans les milieux naturels, des eaux usées urbaines (pluviales – lessivage des sols,
domestiques et industrielles), contenant des déjections humaines et animales, contamine et favorise
la présence de virus, de bactéries, de protozoaires pathogènes dans les eaux de surface et
souterraines. Ces ressources, utilisées notamment pour la production de l’eau potable et la baignade,
constituent un réservoir naturel de microorganismes pathogènes et des facteurs de risques sanitaires
importants pour la population humaine. Dès lors, il devient impérieux de procéder à de nouvelles
études périodiques sur la distribution des microorganismes pathogènes dans l’environnement.
Dans le contexte géographique de la République d’Haïti, où la température contribue favorablement
au développement et à la croissance des germes pathogènes, il parait tout à fait indiquer de travailler
sur la mise en place d’un observatoire sur la qualité microbiologique des ressources en eau douce. La
régionalisation d’un tel laboratoire de terrain pourra apporter, sur le plan scientifique, d’importantes
réponses à certains problèmes de contamination microbiologique des ressources en eau de la Caraïbe.
De plus, cet observatoire pourra, non seulement contribuer au contrôle et à la prévention des
maladies hydriques, mais également servir d’éléments de politique à la conservation, au
développement des ressources en eau et à la mise en œuvre des recommandations d'Action 21.
Ce projet se veut un programme de recherche pouvant s’étendre sur plusieurs années. Une première
étude se fera sur une période de 2 ans en associant Le Laboratoire de Qualité de l’Eau et de
l’Environnement de l’Université Quisqueya (Haïti), l’Université de la Havane (Cuba), l’Université Picardie
Jules Verne (France) et l’Instituto Tecnologico de Santo Domingo (République Dominicaine). Les travaux
doivent à la création d’un observatoire Caraïbéen sur la microbiologie des ressources en eau douce de la
région.

7

Objectif général
Cette étude a pour objectif d’étudier, durant les saisons sèche et pluvieuse, la contamination de l’eau
destinée à la consommation humaine, les eaux de surface et souterraine des grandes villes de la
Caraïbe. Les marqueurs de contamination fécale des eaux qui seront étudiés sont : les coliformes
fécaux (E. coli), les entérocoques fécaux (Streptocoques fécaux), les clostridia sulfito-réductrices, les
oocystes de cryptosporidium et d’helminthes et les entérovirus.
Les résultats de la caractérisation microbiologique de ces eaux doivent conduire à l’évaluation
qualitative et quantitative des risques biologiques, pour la santé humaine, liés à la présence des
agents pathogènes. Les niveaux de risque seront validés par des études épidémiologies qui
permettront de réduire considérablement les incertitudes et orienter les prises de décision en matière
gestion des risques dans le domaine de la santé publique.
Le but final étant de mettre en place un observatoire sur la qualité microbiologique des ressources en
eau douce dans les espaces urbains des îles de la Caraïbe.

Objectifs spécifiques
1. Elaborer une méthodologie générale pour la caractérisation microbiologique (bactérie, virus et
protozoaires) et l’appliquer sur les ressources en eau douce de quelques grandes villes de la
Caraïbe ;
2. Mettre au point des techniques permettant une analyse comparative de la contamination
microbiologique des ressources en eau des villes retenues ;
3. Participer à la formation de jeunes chercheurs avec préparation de thèses de doctorat sur la
microbiologie des écosystèmes aquatiques en milieu tropical (co-tutelle de thèse Nord-Sud
et/ou Sud-Sud) ;
4. Organiser des stages de formations dans des laboratoires du Nord pour les jeunes chercheurs
du Sud impliqués dans la réalisation du projet ;
5. Contribuer à la mise en place au Laboratoire de Qualité de l’Eau et de l’Environnement
(LAQUE) de l’Université Quisqueya d’une unité sur la microbiologie des écosystèmes
aquatiques en milieu tropical ;
6. Réaliser des ateliers de travail dans les pays du sud, porteurs du projet, sur l’évaluation des
connaissances produites dans le cadre du projet ;
7. Créer un réseau de chercheurs sur la microbiologie des écosystèmes aquatiques en milieu
tropical ;
8. Jeter les bases de la création de la « Société Caraïbéenne de la microbiologie des

écosystèmes aquatiques en milieu tropical »

8

Proposition d’une méthodologie commune
Plan sommaire du travail à réaliser

1- Synthèses bibliographiques
Caractérisation microbiologique des ressources : contexte, caractérisation et aspects réglementaires.
Bactériologie des ressources en eau douce
Virologie des ressources en eau douce
Protozoaires et l’eau de baignade et de boisson
Péril fécal-oral
Synthèse des normes utilisées pour les analyses microbiologiques de l’eau (EPA, AFNOR, OMS, CEN,
ISO, etc).
Synthèse des méthodes utilisées pour l’évaluation quantitative et qualitative des risques
microbiologiques liés à la contamination des ressources en eau
Epidémiologie des maladies hydriques
Synthèse des méthodes utilisées pour les études épidémiologiques
Synthèse de la littérature sur l’estimation des risques biologiques à partir des études épidémiologiques

2- Organisation de missions d’enseignement et de recherche
3- Mise au point d’un cadre expérimental pour la caractérisation microbiologique des ressources en
eau, les études épidémiologiques et pour les évaluations de risques biologiques
Précision sur la terminologie
Choix d’une ville dans chaque pays en tenant compte des indicateurs suivants : population,
topographie, ressources en eau douce disponible
Définition d’un cadre d’intervention
Elaboration d’hypothèses
Mise au point d’un protocole expérimental (matériels et méthodes)
Méthodes expérimentales

4- Formation de jeunes chercheurs du Sud
Accueil de 2 ou 3 étudiants ou enseignants-chercheurs des universités du Sud en thèse de doctorat
Signature de convention de co-tutelle de thèse
Stage de formation en parasitologie, virologie de l’eau, en bactériologie de l’eau et en épidémiologie
pour de jeunes chercheurs haïtiens, cubains et dominicains impliqués dans le programme de
recherche.

9

5- Mise en œuvre de la méthodologie élaborée (matériels et méthodes)
Sélection des tests microbiologiques et physico-chimiques à partir de la revue de littérature existant
sur la microbiologie des écosystèmes aquatiques;
Choix des techniques d’analyse
Adaptation de ces techniques à la réalité des pays du sud concernés par ce projet.
Calcul des différents risques et modélisations statistiques et mathématiques
Réalisation des études épidémiologiques

6- Diffusion des résultats
Organisation d’ateliers ou colloque international ;
Production de rapports de recherche
Publication d’articles dans des revues référencées

Proposition d’un cadre expérimental pour Haïti
En Haïti, les grandes agglomérations urbaines se retrouvent généralement dans deux grands types
d’écosystèmes : celui des montagnes et le côtier (Casséus, 1999). Cette particularité topographique
peut provoquer des variations dans le dénombrement des agents pathogènes qui seront étudiés. En
effet, Haïti comme la majorité des îles de la Caraïbe, et du fait de sa topographie particulièrement
mouvementée avec des chaînes de montagnes culminant à plus de 2 000 mètres, présente une
grande diversité de climats. Les moyennes pluviométriques s’étalent entre 300 mm/an dans les
régions arides du Nord-Ouest à plus de 4 000 mm/an dans les massifs montagneux. La grande variété
des sols (géologie, granulométrie, pH) et les caractéristiques physicochimiques des eaux (dureté,
conductivité éléctrique, pH) influent sur la viabilité et l’évolution des cellules, ARN, des œufs et des
larves des microorganismes pathogènes (Champetier de Ribes et al., 2005).

Site de l’étude
Le site de l’étude choisi est la communauté urbaine de Port-au-Prince (CUPP), principal centre urbain
du pays, par son importance en terme de concentration de la population et des services urbains. La
communauté urbaine de Port-au-Prince compte actuellement une population de 2 164 207
d’habitants, elle absorbe les deux tiers de l'augmentation totale de la population haïtienne (IHSI,
2003).
D’une superficie de 10. 000 hectares environ, la (CUPP) est définie par l’espace urbain délimité par
quatre municipalités : Port-au-Prince, Pétion Ville, Delmas et Carrefour (IHSI, 2003). Comme tout les
autres centres urbains de Port-au-Prince la CUPP a connu une progression démographique rapide et
importante ces dernières années.

10

La zone de Port-au-Prince est caractérisée par une alternance de saisons pluvieuses et de saisons
sèches avec une température moyenne allant de 20oC à 35oC. La première saison pluvieuse couvre les
mois d’avril et de mai, la deuxième saison est sèche et couvre les mois de juin et de juillet, quant à la
troisième saison, elle est pluvieuse et va d’août à octobre. La quatrième saison, très sèche, va de
novembre à mars.
La géologie et l’hydrogéologie du site d’étude sont dominées par la présence d’un aquifère karstique.
Denić-Jukić et Jukić, (2003) rapporte que les principales caractéristiques des aquifères karstiques sont
l’existence de réseaux irréguliers de pores, de fissures, de fractures et de conduites de formes et de
dimensions variées. Une telle structure, d’une importante hétérogénéité physique et géométrique,
cause des conditions hydrauliques complexes et la variabilité spatiale et temporelle des paramètres
hydrauliques. Après une averse, la recharge rapide et turbulente des eaux souterraines se produit par
le drainage dans de grands conduits de volume élevé d’eau non filtrée (Denić-Jukić et Jukić, 2003).
Le massif de la Selle (2860 m), la chaîne la plus élevée de la République d’Haïti, est abondamment
arrosé par les eaux de précipitation. Dans son bassin versant septentrional, qui est le bassin
présentant un intérêt pour les ressources en eau de Port-au-Prince, il contient des calcaires
intensément fracturés et karstifiés, autorisant le stockage et la circulation d’eau souterraine. Il en
découle qu’il s’agit d’un aquifère majeur, véritable château d’eau potentiel pour la RMPP (TRACTEBEL,
1998). Des calcaires inter stratifiés inclus dans des roches basaltiques ont été identifiés dans son
bassin méridional (Butterlin, 1960).

Prélèvement des échantillons d’eau
Les prélèvements d’échantillons pour les analyses microbiologiques et physicochimiques seront
réalisés. Des prélèvements seront effectués sur 5 sources et 5 forages exploités pour
l’approvisionnement en eau de la CUPP et trois réservoirs de distribution publique. De plus, 5 points
d’eau (non aménagés par les services publics) utilisés par les populations pour leurs besoins, 5
forages alimentant les camions citernes et 5 points sur les rivières froides et grises seront sélectionnés
dans le cadre de cette étude.
Deux prélèvements seront faits en saison sèche et deux autres en saison pluvieuse sur les points
d’eau sélectionnés. Un gradient de température et/ou d’altitude sera retenu comme indicateur pour le
choix des points retenus. Un GPS sera utilisé pour l’enregistrement des coordonnées géographiques
des points qui seront étudiés.

11

Paramètres sélectionnés

Caractérisation microbiologique
L’évaluation microbiologique comprend les caractérisations bactériologiques, virologiques et la
détermination des parasites (Cryptosporidium et helminthes).
L’analyse quantitative en bactériologie des eaux consiste essentiellement à estimer l’effectif d’une
population donnée de microorganismes à des fins écologiques et sanitaires. Dans le cadre de cette
étude les analyses bactériologiques portent sur les coliformes fécaux (particulièrement la E. coli), les
entérocoques fécaux (Streptocoques fécaux) et les Clostridia sulfito-réductrices.
Les études portant sur les propriétés de l'eau ont tenté d'établir une corrélation entre la présence de
marqueurs habituellement utilisés (les coliformes fécaux et les entérocoques fécaux) et la présence de
virus. Les Entérovirus (famille des picornaviridae), de par leur résistance dans le milieu extérieur
restent infectieux pendant plusieurs mois, leur voie de transmission (fécal-oral) et leur présence en
quantités importantes dans les eaux usées pourraient représenter un marqueur intéressant de
contamination virale des écosystèmes aquatiques. Un plan d'échantillonnage sera élaboré pour la
détection de quatre virus entériques véhiculés par les eaux à savoir: Norwalk I et II, Astrovirus et
Rotavirus.
Les Clostridia sulfito-réductrices sont des microorganismes anaérobies sporigènes, dont le plus
caractéristique, Clostridium perfringens (C. welchii), est normalement présent dans les fèces, mais en
bien moins grand nombre qu'E. coli. Les spores de clostridia peuvent survivre dans l'eau beaucoup
plus longtemps que les coliformes et ils résistent à la désinfection.
Les

coccidies

intestinales,

protozoaires

de

l’embranchement

des

Apicomplexa

sont

des

microorganismes opportunistes émergents première cause de pathologie digestive chez les sujets
infectés par le VIH dans les pays du Sud. La transmission féco-orale à partir des oocystes dans les
selles impose l’étude de leur circulation dans l’environnement, notamment au niveau de l’eau, vecteur
principal de la contamination humaine

Caractérisation physicochimique
Dans le cadre de cette étude un certain nombre de paramètres physicochimiques seront dosés : pH,
conductivité électrique, oxygène dissout, chlorures, substances azotées et phosphatées, le soufre et
ses dérivées, la Demande Chimique en oxygène.

12

Organisation du projet
Université Quisqueya
Coordination locale du projet : Professeur Ketty BALTHAZARD-ACCOU, Attachée à la recherche au
Laboratoire de Qualité de l’Eau et de l’Environnement – Université Quisqueya (Haïti). En plus des
activités spécifiques liées à la réalisation du projet, Madame BALTHAZARD-ACCOU assurera la
coordination de l’équipe chargée de la réalisation des analyses microbiologiques et physicochimiques.
Cette équipe sera composée de Mademoiselle Floraine DECEMBRE, Assistante à l’enseignement et à la
recherche, et quatre étudiants en sciences du vivant de l’Université Quisqueya (Haïti).
Etudes épidémiologiques : Docteur Nathalie BOUCHER, Assistante à l’enseignement et à la recherche,
et deux étudiants du programme de maîtrise en Santé publique de la Faculté des Sciences de la Santé
– Université Quisqueya (Haïti)
Montage de la base de données et production de cartes au moyen de SIG : Professeur Obicson
LILITE, Responsable du Centre d’Applications en Télédection et en Systèmes d’Information
Géographique (CATESIG) de l’Université Quisqueya.
Direction scientifique : Professeur Evens EMMANUEL, Directeur du Laboratoire de Qualité de l’Eau et
de l’Environnement – Université Quisqueya (Haïti)

Université de la Havane
Partenaire N° 1 : Professeur Mayra HEYDRICH, Directeur du Département de Microbiologie, Faculté de
Biologie, Université de la Havane (Cuba)

Université Picardie Jules Verne
Partenaire N° 2 : Professeur Christian RACCURT, Directeur Laboratoire de parasitologie et mycologie
médicales, Université Picardie Jules Verne (France).

Instituto Tecnologico de Santo Domingo
Partenaire No 3 : Professeur José B CONTERAS, Directeur du Centre de gestion environnementale,
Instituto Tecnologico de Santo Domingo (République Dominicaine).

Responsabilités de l’Université Quisqueya


assurer la direction scientifique du projet,



assurer la coordination locale nécessaire à la bonne marche du projet,

13



participer à la définition des protocoles de réalisation des analyses microbiologiques et
physico-chimiques,



assurer la mise en œuvre et le suivi des expérimentations qui se feront en Haïti,



mettre en place une base de données géo-référencées,



mettre en place au Laboratoire de Qualité de l’Eau et de l’Environnement, une unité sur la
microbiologie des écosystèmes aquatiques en milieu tropical,



utiliser les outils SIG pour la réalisation d’une carte sur la contamination microbiologique des
ressources en eau douce du site sélectionné,



réaliser l’étude épidémiologique sur les maladies du péril fécal-oral,



accueillir en stage de recherche (PFE et Master recherche) des étudiants finissants des formations
en Sciences du vivant de l’UniQ,



organiser une formation d’un mois sur les méthodes d’évaluation des risques biologiques pour de
jeunes chercheurs haïtiens, cubains et dominicains,



assurer la co-direction de thèse de la Coordonnatrice locale du projet,



siéger au sein du comité de pilotage des autres thèses du projet,



contribuer à l’analyse de la démarche et rédaction du rapport final,



organiser d’un atelier sur la microbiologie des écosystèmes aquatiques en milieu tropical,



contribuer à des communications lors de colloques et à la rédaction d’articles scientifiques,



participer activement à la création du réseau de chercheurs sur la microbiologie des écosystèmes
aquatiques en milieu tropical ;



participer activement à la création de la « Société Caraïbéenne de la microbiologie des

écosystèmes aquatiques en milieu tropical »

Responsabilités de l’Université de la Havane


assurer la co-direction scientifique du projet,



participer à la définition des protocoles de réalisation des analyses microbiologiques et
physico-chimiques,



réaliser une carte sur la contamination microbiologique des ressources en eau douce du site
sélectionné à Cuba,



réaliser l’étude épidémiologique sur les maladies du péril fécal-oral,



accompagner l’Université Quisqueya dans la mise en place de son unité sur la microbiologie des
écosystèmes aquatiques en milieu tropical,



assurer la mise en œuvre et le suivi des expérimentations qui se feront à Cuba,



organiser une formation théorique et pratique sur la bactériologie de l’eau pour de jeunes
chercheurs haïtiens, cubains et dominicains,



siéger au sein du comité de pilotage des thèses de doctorat du projet,



contribuer à l’analyse de la démarche et rédaction du rapport final,



contribuer à des communications lors de colloques et à la rédaction d’articles scientifiques,

14



participer activement à la création du réseau de chercheurs sur la microbiologie des écosystèmes
aquatiques en milieu tropical ;



participer activement à la création de la « Société Caraïbéenne de la microbiologie des

écosystèmes aquatiques en milieu tropical ».
Responsabilités de l’Université Picardie Jules Verne


assurer la co-direction scientifique du projet,



participer à la définition des protocoles de réalisation des analyses microbiologiques et
physico-chimiques,



organiser un stage d’un mois en parasitologie de l’eau pour de jeunes chercheurs haïtiens, cubains
et dominicains,



organiser un stage d’un mois en virologie (estimation qualitative et si possible quantitative) de
l’eau pour de jeunes chercheurs haïtiens, cubains et dominicains,



préparer une formation en épidémiologie des maladies hydriques pour les jeunes chercheurs du
projet,



assurer la co-direction de thèses de doctorat,



accompagner l’Université Quisqueya dans la mise en place de son unité sur la microbiologie des
écosystèmes aquatiques en milieu tropical,



siéger au sein du comité de pilotage des thèses de doctorat du projet,



contribuer à l’analyse de la démarche et rédaction du rapport final,



contribuer à des communications lors de colloques et à la rédaction d’articles scientifiques,



participer activement à la création du réseau de chercheurs sur la microbiologie des écosystèmes
aquatiques en milieu tropical ;



participer activement à la création de la « Société Caraïbéenne de la microbiologie des

écosystèmes aquatiques en milieu tropical ».

Responsabilités de l’Instituto Tecnologico de Santo Domingo


assurer la co-direction scientifique du projet,



participer à la définition des protocoles de réalisation des analyses microbiologiques et
physico-chimiques,



assurer la mise en œuvre et le suivi des expérimentations qui se feront en République
Dominicaine,



réaliser une carte sur la contamination microbiologique des ressources en eau douce du site
sélectionné en République Dominicaine,



réaliser l’étude épidémiologique sur les maladies du péril fécal-oral,



accompagner l’Université Quisqueya dans la mise en place de son unité sur la microbiologie des
écosystèmes aquatiques en milieu tropical,

15



organiser une formation théorique et pratique sur les analyses physicochimiques de l’eau pour de
jeunes chercheurs haïtiens, cubains et dominicains,



siéger au sein du comité de pilotage des thèses du projet,



contribuer à l’analyse de la démarche et rédaction du rapport final,



organiser d’un atelier sur la microbiologie des écosystèmes aquatiques en milieu tropical,



participer activement à la création du réseau de chercheurs sur la microbiologie des écosystèmes
aquatiques en milieu tropical ;



participer activement à la création de la « Société Caraïbéenne de la microbiologie des

écosystèmes aquatiques en milieu tropical »

Indicateurs d’évaluation


Réalisation des formations en physicochimie, microbiologie de l’eau et en évaluation des
risques environnementaux



Création de l’unité de recherche sur la microbiologie des écosystèmes aquatiques en milieu
tropical de l’Université Quisqueya (Haïti),



Nombre de jeunes chercheurs haïtiens, dominicains et cubains ayant suivi les stages de
formation à la recherche,



Production de cartes sur la contamination microbiologique des ressources en eau douce des 3
grandes villes de la Caraïbe



Documents produits (voir diffusion des résultats)

Diffusion de résultats


Une thèse de doctorat en rapport avec le projet.



Production et distribution des rapports,



Production des pré-actes et actes de l’atelier de travail sur la microbiologie des écosystèmes
aquatiques en milieu tropical est crée dans la Caraïbe;



Publications de 6 articles scientifiques dans des revues référencées.

16

Budget détaillé du projet (les deux premières années)
Année 1
Activités
1- Mission de recherche en Haïti
• Billet d’avion Havane/PAP/Havane
• Billet
d’avion
SantoDomingo/PAP/
SantoDomingo
• Billet d’avion Amiens/PAP/Amiens
• Frais de séjour du promoteur cubain
• Frais de séjour du promoteur dominicain
• Frais de séjour du promoteur français

Total 1 (Mission de recherche en Haïti)
2- Bourses de formation en bactériologie (Cuba)
• Billet d’avion PAP/Havane.PAP
• Billet
d’avion
SantoDomingo/Havane/
SantoDomingo
• Bourses d’entretien (durée 1 mois)

Total 2 (Bourses formation bactériologie à Cuba)
3- Bourses de formation en parasitologie et
virologie (France)
• Billet d’avion PAP/Amiens/PAP
• Billet
d’avion
SantoDomingo/Amiens/
SantoDomingo
• Billet d’avion Havane/Amiens/Havane
• Bourses d’entretien (durée 2 mois)

Total 3 (Bourses de formation en parasitologie et
virologie en France)
4- Stage de recherche d’un doctorant en France
• Billet d’avion PAP/Amiens/PAP
• Bourses d’entretien (durée 3 mois)

Total 4 - Stage de recherche d’un doctorant en
France
5- Acquisition de documents techniques et

Quantité

Prix unitaires
Euros

Prix Total
Euros

1

350,00

350,00

1
1
8
8
8

150,00
1 600,00
110,00
110,00
110,00

150,00
1 600,00
880,00
880,00
880,00

-

-

AUF - PCSI

Aide & Action
PCSI HT-RD

350,00
150,00
1 600,00
880,00
880,00
880,00

4 740,00

3 710,00

1 030,00

1

350,00

350,00

350,00

1
2

400,00
700,00

400,00
1 400,00

700,00

400,00
700,00

2 150,00

1 050,00

1 100,00

-

-

1

1 800,00

1 800,00

1 800,00

1
1
6 mois

1 800,00
1 800,00
1 000,00

1 800,00
1 800,00
6 000,00

1 800,00
1 800,00
6 000,00

9 600,00

9 600,00

1
3 mois

-

1 800,00
1 000,00

-

Autres
financements

1 800,00
3 000,00

1 800,00
2 150,00

850,00

4 800,00

3 950,00

850,00

-

-

-

scientifiques pour les universités du Sud
• Livres
• articles

3

1 000,00

Total 5 (Acquisition de documents techniques et
scientifiques pour les universités du Sud)

-

-

6- Acquisition de matériels et réactifs
laboratoire, GPS, logiciel
• Université Quisqueya
• Université de la Havane
• Instituto Tecnologico de Santo Domingo

-

-

de

Total 6 (Acquisition de matériels et réactifs de
laboratoire, GPS, logiciel)

-

-

7- Prélèvement et réalisation des analyses
• Gratification aux étudiants des 3 PED

-

-

Total 7 (Prélèvement et réalisation des analyses)

-

-

8- Contribution aux frais de fonctionnement
• Frais de stage à AMIENS
• Frais de Stage à la Havane
• Frais de fonctionnement INTEC
• Frais de fonctionnement UniQ

Total
8
(Contribution
aux
frais
fonctionnement)
TOTAL DU BUDGET DE LA 1ere ANNEE

de

3 000,00
600,00

3 000,00
600,00

3 600,00

3 600,00

10 000,00
5 000,00
10 000,00

5 000,00
2 000,00
5 000,00

5 000,00
3 000,00
5 000,00

25 000,00

12 000,00

13 000,00

3 000,00

3 000,00

3 000,00

3 000,00

3 000,00
1 500,00
2 000,00
2 000,00

1 290,00

3 000,00
1 500,00
2 000,00
710,00

-

-

8 500,00

1 290,00

7 210,00

-

-

61 390,00

10 000,00

38 390,00

13 000,00

18

Année 2
Activités
9- Atelier de travail à Cuba
• Billet d’avion PAP/Havane/PAP
• Billet
d’avion
SantoDomingo/Havane/
SantoDomingo
• Billet d’avion Amiens/Havane/Amiens
• Frais de séjour du promoteur haïtien
• Frais de séjour du promoteur dominicain
• Frais de séjour du promoteur français

Quantité

Prix unitaires
Euros

Prix Total
Euros

1

350,00

350,00

1
1
8
8
8

400,00
1 600,00
110,00
110,00
110,00

400,00
1 600,00
880,00
880,00
880,00

Total 9 (Atelier de travail à Cuba)

-

-

10- Bourses de formation en analyses
physicochimiques
de
l’eau
(République
Dominicaine)
• Billet d’avion PAP/SantoDomingo/PAP
• Billet d’avion Havane/ SantoDomingo/Havane
• Bourses d’entretien (durée 1 mois)

1
1
2

Total 10 (Bourses formation en en analyses
physicochimiques de l’eau en République
Dominicaire)
11- Bourses de formation en évaluation des
risques environnementaux (Haïti)
• Billet
d’avion
SantoDomingo/PAP/
SantoDomingo
• Billet d’avion Havane/PAP/Havane
• Bourses d’entretien (durée 1 mois)

-

150,00
400,00
700,00

-

AUF - PCSI

400,00
1 600,00
880,00
880,00
880,00

4 990,00

3 710,00

150,00
400,00
1 400,00

150,00
700,00

400,00
700,00

1 950,00

850,00

1 100,00

150,00

150,00

150,00

1
2

350,00
700,00

350,00
1 400,00

350,00
1 400,00

1 900,00

1 900,00

-

-

12- Acquisition de réactifs de laboratoire
• Université Quisqueya
• Université de la Havane
• Instituto Tecnologico de Santo Domingo

-

-

Total 12 (Acquisition de réactifs de laboratoire)

-

-

13- Prélèvement et réalisation des analyses

-

-

Autres
financements

350,00

1

Total 11 (Bourses de formation en évaluation des
risques environnementaux en Haïti)

Aide & Action
PCSI HT-RD

1 280,00

-

-

-

2 500,00
2 500,00
2 500,00

1 000,00
1 000,00
1 000,00

1 500,00
1 500,00
1 500,00

7 500,00

3 000,00

7 500,00

19



Gratification aux étudiants des 3 PED

Total 13
analyses)

(Prélèvement

et

réalisation

des

-

-

14- Etudes épidémiologiques
• Equipe d’Haïti
• Equipe de la République Dominicaine
• Equipe de Cuba

Total 14 (Etudes épidémiologiques)
15- Contribution aux frais de fonctionnement
incluant la production des rapports
• Frais de fonctionnement Univ. de la Havane
• Frais de fonctionnement INTEC
• Frais de fonctionnement UniQ

-

Total
15
(Contribution
fonctionnement)

-

aux

frais

de

16- Atelier sur la microbiologie des écosystèmes
aquatiques en milieu tropical (Haïti)
• Billet d’avion Havane/PAP/Havane
• Billet
d’avion
SantoDomingo/PAP/
SantoDomingo
• Billet d’avion Amiens/PAP/Amiens
• Frais de séjour du promoteur cubain
• Frais de séjour du promoteur dominicain
• Frais de séjour du promoteur français
• Organisation générale

Total 16 (Atelier sur la microbiologie des
écosystèmes aquatiques en milieu tropical –
Haïti)
TOTAL DU BUDGET DE LA 2eme ANNEE

3 000,00

3 000,00

3 000,00

3 000,00

3 500,00
3 500,00
3 500,00

1 500,00

10 500,00

3 000,00

1 500,00

2 000,00
2 000,00
2 000,00

1 500,00

6 000,00

1 500,00

-

-

1 000,00
3 000,00
3 000,00

540,00

1 000,00
3 000,00
3 000,00

7 000,00

540,00

7 000,00

1

350,00

350,00

350,00

1
1
8
8
8

150,00
1 600,00
110,00
110,00
110,00

150,00
1 600,00
880,00
880,00
880,00
10 000,00

1 730,00

150,00
1 600,00
880,00
880,00
880,00
8 270,00

-

-

14 740,00

1 730,00

13 010,00

-

-

51 580,00

11 610,00

33 510,00

10 000,00

20

Résumé du budget total
Budget de la première année

:

61 390,00 Euros

Budget de la deuxième année

:

51 580,00 Euros

Budget total

:

112 970,00 Euros

Répartition du budget
AUF
Aide & Action
Autres sources de financement (OPS/OMS, UNESCO, Ministère de la Santé, etc.)
Budget total

:

20 000,00 €
50 000,00 €
42 970,00 €
112 970,00 €

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Hospitaliers. Thèse, Institut National Des Sciences Appliquées De Lyon, 257p.
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en Haïti. Port-au-Prince : Laboratoire de Qualité de l’Eau et de l’Environnement, Université Quisqueya,
2002, pp. 30-52
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TRACTEBEL DEVELOPMENT Définition des périmètres de protection pour les sources exploitées par la
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23



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